ردیابی، تحلیل تبارزایی و آنالیز ژنتیک جمعیت ویروس ساقه شیاری سیب بر اساس ژن پروتئین پوششی
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 139
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ARPP-11-2_007
تاریخ نمایه سازی: 4 بهمن 1401
چکیده مقاله:
چکیده ویروس ساقه شیاری سیب (Apple stem grooving virus (ASGV)) یکی از ویروسهای مهم درختان سیب است. در تحقیق حاضر به منظور ردیابی این ویروس، ۸۷ نمونه مشکوک از برگ و پوست درختان سیب دارای علائم و فاقد علائم از مناطق غربی و جنوب غربی استان زنجان و شرق استان کردستان نمونه برداری انجام شد. پس از استخراج آرانای کل از ۵۰ نمونه از بین نمونه های جمع آوری شده، ساخت دیانای مکمل با استفاده از آغازگر معکوس طراحی شده منطبق بر ژن کامل پروتئین پوششی انجام شد. در واکنش زنجیرهای پلیمراز، قطع های به طول ۷۲۸ جفت باز مربوط به ژن کامل پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب در ۱۲ نمونه از باغات مختلف از منطقه زنجان و بیجار استان کردستان تکثیر شد. ۹ محصول پیسیار برای تعیین توالی انتخاب شد، از ۹ محصول پیسیآر انتخاب شده چهار نمونه به صورت همسانه سازی شده در پلاسمید pTG۱۹ و پنج محصول پیسی آر بصورت مستقیم توالی یابی شدند. نتایج تعیین توالی و مقایسه با پایگاه دادههای بانک ژن نشان داد قطعات تکثیر یافته در پیسی آر مربوط به ژن پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب است. آنالیز تبارزائی جدایه های تعیین توالی شده و توالیهای به دست آمده از بانک ژن با استفاده از نرمافزار MEGA ۷ و روش Neighbor Joining (NJ) و مدل Jukes Cantor نشان داد که جدایه های ایرانی تازه ردیابی شده با جدایه هایی از ایران، هند، کره جنوبی و چین در یک خوشه قرار می گیرند. نتایج بررسی جهش ها نشان داد dN/dS جدایه های ایرانی نسبت به سایر جدایه ها کمتر است و بیشترین تبادل ژنی جدایه های ایرانی با جدایه های کره جنوبی و چین است. این اولین گزارش از این ویروس در منطقه زنجان است.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
مهسا محمدلو
گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران.
داود کولیوند
گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران.
محمد حاجی زاده
گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :