Combined QSAR Modeling, Molecular Docking Screening, and Pharmacokinetics Analyses for the Design of Novel ۲, ۶-Diarylidene Cyclohexanone Analogs as Potent Anti-Leishmanial Agents
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 167
فایل این مقاله در 20 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_PCBR-6-1_002
تاریخ نمایه سازی: 9 بهمن 1401
چکیده مقاله:
The current research was conducted as part of the anti-leishmanial drug discovery effort towards new drug molecules with attributes that overcome the limitations of existing therapies. This work utilizes a combined approach of Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR), virtual docking screening, and pharmacokinetics analysis to design some novel ۲,۶-diarylidene cyclohexanone analogs using ligand-based drug design methods, while also performing docking investigation, drug-likeness analysis, and Molecular Dynamic (MD) simulation to evaluate their anti-leishmanial potential. Some crucial parameters were calculated for the built QSAR model, including R۲ = ۰.۷۸۲۷, R۲adj = ۰.۷۲۰۶, Q۲cv = ۰.۶۴۱۴, and R۲test = ۰.۸۵۳۹, which indicate an acceptable QSAR model. The combined results of QSAR, docking, and pharmacokinetics analysis suggested compound ۱ as the template. The Six (۶) newly designed analogs possessed higher binding scores than the reference drug Pentamidine in the order; ۱a (-۱۰.۲ kcal/mol) > ۱e (-۹.۶) > ۱d (-۹.۴) > ۱c (-۹.۲) > Template (-۹.۱) > ۱f (-۹) > ۱b (-۸.۵) > Pentamidine (-۶.۹ kcal/mol), while their predicted pIC۵۰ followed the order; ۱e (۸.۷۳۲۱) > ۱c (۷.۶۷۷۲) > ۱f (۷.۱۶۰۲) > ۱a (۶.۸۲۸۹) > ۱d (۶.۷۷۳۸) > ۱b (۶.۵۷۷۲) > Template (۵.۳۸۲۴). The results of the drug-likeness testing suggest ۱ and the new analogs (especially ۱a) as being orally bioavailable with excellent pharmacokinetic profiles. These molecules equally showed good pharmacological interactions with the receptor, Pyridoxal kinase (PDB: ۶K۹۱). In addition, the MD simulation results confirmed the stability and rigidity of ۱_۶K۹۱ and ۱a_۶K۹۱. Therefore, the new analogs could be considered as potent anti-leishmanial inhibitors.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
Fabian Ugbe
Department of Chemistry, Faculty of Physical Sciences, Ahmadu Bello University, P.M.B. ۱۰۴۴, Zaria, Kaduna State, Nigeria
Gideon Shallangwa
Department of Chemistry, Faculty of Physical Sciences, Ahmadu Bello University, P.M.B. ۱۰۴۴, Zaria, Kaduna State, Nigeria
Adamu Uzairu
Department of Chemistry, Faculty of Physical Sciences, Ahmadu Bello University, P.M.B. ۱۰۴۴, Zaria, Kaduna State, Nigeria
Ibrahim Abdulkadir
Department of Chemistry, Faculty of Physical Sciences, Ahmadu Bello University, P.M.B. ۱۰۴۴, Zaria, Kaduna State, Nigeria
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :