اثر تراکم نشانگرها و اندازه جمعیت مرجع بر صحت مستندسازی در داده شبیه سازی شده
محل انتشار: مجله تحقیقات تولیدات دامی، دوره: 9، شماره: 2
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 109
فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ARGU-9-2_002
تاریخ نمایه سازی: 26 بهمن 1401
چکیده مقاله:
در پژوهش حاضر، اثر اندازه جمعیت مرجع و تعداد نشانگرهای چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) گمشده بر صحت مستندسازی (ایمپیوتیشن) مورد بررسی قرار گرفت. از نرم افزار QMSim برای ایجاد بانک اطلاعاتی مرجع به تعداد ۱۰۰۰ حیوان شبیهسازی شده استفاده شد. از دادههای مرجع دو دسته ایجاد شد: دسته اول (A) شامل ژنوتیپهای اصلی حاوی دادههای گمشده (تعداد ۵۲ هزار نشانگر SNP) و دسته دوم (B) با خروج دادههای گمشده از مجموع دادهها (تعداد ۳۷ هزار نشانگر SNP) ایجاد شد. در هر دو دسته، تعداد جمعیت مرجع با ۱۰۰، ۲۵۰، ۵۰۰ و ۷۵۰ حیوان شبیهسازی شد. تعداد نشانگرهای SNP حذف شده به طور تصادفی و با نسبتهای ۱۵، ۳۰، ۵۵، ۷۰ و ۹۵ درصد در هر دو دسته شبیهسازی شد. بر اساس همبستگی بین ارزش نشانگرهای SNP اصلی قبل از حذف و ارزش آنها بعد از مستندسازی، صحت برآورد شد. نتایج مطالعه حاضر نشان داد که صحت مستندسازی تحت تاثیر اندازه جمعیت مرجع و تراکم نشانگرهای SNP گمشده قرار داشت. با افزایش اندازه جمعیت مرجع از ۱۰۰ به ۷۵۰ حیوان، متوسط صحت مستندسازی در هر دو دسته افزایش یافت. بیشترین میزان صحت برای جمعیت مرجع با ۷۵۰ حیوان در دامنه ۸۹/۰ تا ۹۸/۰ برای دسته A و ۹۰/۰ تا ۹۹/۰ برای دسته B مشاهده شد. به طور کلی، نتایج نشان داد که اگر اندازه جمعیت مرجع به اندازه کافی باشد، علیرغم تعداد زیاد نشانگر SNP گمشده، صحت مستندسازی تغییر زیادی نخواهد کرد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
یحیی محمدی
استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :