بررسی تنوع تعداد کپی در ژنوم گوسفندان بلوچی با استفاده از تجزیه مقایسهای الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP

سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 170

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_ARGU-9-1_003

تاریخ نمایه سازی: 26 بهمن 1401

چکیده مقاله:

تنوع تعداد کپی (CNV)، از مهمترین تغییرات ساختاری ژنوم، به عنوان منبع مهم تنوع ژنتیکی و فنوتیپی شناخته شده است. هدف از این مطالعه بررسی مقایسه ای CNV در گوسفندان نژاد بلوچی با استفاده از الگوریتم های PennCNV و QuantiSNP بود. تجزیه داده ها با استفاده از آرایه تعیین ژنوتیپ SNP۵۰K گوسفندی روی ۹۶ گوسفند بلوچی انجام شد. پس از تشخیص CNVها، مناطق تنوع تعداد کپی (CNVRs) با استفاده از برنامه CNVRuler تعیین شدند. در مجموع تعداد ۲۰۱ و ۹۱۶ CNV به ترتیب با الگوریتم­های PennCNV و QuantiSNP شناسایی شد. همچنین ۹۱ CNVR (به طول ۷۵/۱۸ تا ۷/۵۱۱ کیلو جفت باز) با الگوریتم PennCNV و ۳۱۶ CNVR (به طول ۷/۵ تا ۱۲۸۰ کیلو جفت باز) با الگوریتم QuantiSNP شناسایی شد که به ترتیب در بر گیرنده ۴۶/۰ و ۳۳/۱ درصد از کل ژنوم گوسفند بود. تعداد CNVهای نوع حذف در الگوریتم QuantiSNP حدود پنج برابر و در الگوریتم PennCNV حدود سه برابر بیشتر از تعداد اضافه ها بود. همچنین تعداد CNV های شناسایی شده با الگوریتم QuantiSNP حدود چهار برابر بیشتر بود. میزان ۶/۸۶ درصد (۱۷۴ CNV با متوسط طول ۶۷/۱۲۲ کیلو جفت باز) از CNVهای شناسایی شده به وسیله الگوریتم PennCNV با CNVهای شناسایی شده در الگوریتم QuantiSNP مطابقت داشتند. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که استفاده از چندین الگوریتم می تواند تغییرات ساختاری ژنوم را با دقت بیشتری تشخیص دهد و منجر به درک بهتری از ژنوم گوسفند شود.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

کبری تقی زاده

دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری

محسن قلی زاده

استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری

محمد حسین مرادی

استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی، دانشگاه اراک

قدرت الله رحیمی میانجی

استاد، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Bae J. S., Cheong H. S., Kim L. H., NamGung ...
  • Baumbusch L. O., Aarøe J., Johansen F. E., Hicks J., ...
  • Bhanuprakash V., Chhotaray S., Pruthviraj D. R., Rawat C., Karthikeyan ...
  • Carter N. P. ۲۰۰۷. Methods and strategies for analyzing copy ...
  • Clop A., Vidal O. and Amills M .۲۰۱۲. Copy number ...
  • Colella S., Yau C., Taylor J. M., Mirza G., Butler ...
  • Craddock N. J. and Jones I. R. J. N. ۲۰۰۷. ...
  • Dathe K., Kjaer K. W., Brehm A., Meinecke P., Nürnberg ...
  • de Lemos M. V. A., Berton M. P., de Camargo ...
  • Dermitzakis E. T. and Stranger B. E. ۲۰۰۶. Genetic variation ...
  • Diskin S. J., Li M., Hou C., Yang S., Glessner ...
  • Fadista J., Thomsen B., Holm L. E. and Bendixen C. ...
  • Feuk L., Carson, A. R. and Scherer S. W. ۲۰۰۶. ...
  • Fontanesi L., Beretti F., Riggio V., González E. G., Dall’Olio ...
  • Fontanesi L., Martelli P. L., Beretti F., Riggio V., Dall'Olio ...
  • Fontanesi L., Beretti F., Martelli P. L., Colombo M., Dall'Olio ...
  • Freeman J. L., Perry G. H., Feuk L., Redon R., ...
  • Giuffra E., Törnsten A., Marklund S., Bongcam-Rudloff E., Chardon P., ...
  • Hastings P. J., Lupski J. R., Rosenberg S. M. and ...
  • Hester S. D., Reid L., Nowak N., Jones W. D., ...
  • Hou C. L., Meng F. H., Wang W., Wang S. ...
  • Hou Y., Liu G. E., Bickhart D. M., Cardone M. ...
  • Hou Y., Bickhart D. M., Hvinden M. L., Li C., ...
  • Jenkins G. M., Goddard M. E., Black M. A., Brauning ...
  • Jiang L., Jiang J., Wang J., Ding X., Liu J. ...
  • Karimi K., Esmailizadeh A., Wu D. D. and Gondro C. ...
  • Kim J. H., Hu H. J., Yim S. H., Bae ...
  • Kim S. Y., Kim J. H. and Chung Y. J. ...
  • Korn J. M., Kuruvilla F. G., McCarroll S. A., Wysoker ...
  • Lai W. R., Johnson M. D., Kucherlapati R. and Park ...
  • Lin P., Hartz S. M., Wang J. C., Krueger R. ...
  • Liu G. E., Hou Y., Zhu B., Cardone M. F., ...
  • Liu J., Ulloa A., Perrone-Bizzozero N., Yeo R., Chen J. ...
  • Liu J., Calhoun V. D., Chen J., Claus E. D. ...
  • Liu J., Zhang L., Xu L., Ren H., Lu J., ...
  • Ma Y., Zhang Q., Lu Z., Zhao X. and Zhang ...
  • Marioni J. C., Thorne N. P. Valsesia A., Fitzgerald T., ...
  • Metzger J., Philipp U., Lopes M. S., da Camara Machado ...
  • Norris B. J. and Whan V. A. ۲۰۰۸. A gene ...
  • Park R. W., Kim T. M., Kasif S. and Park ...
  • Peiffer D. A., Le J. M., Steemers F. J., Chang ...
  • Pinkel D., Segraves R., Sudar D., Clark S., Poole I., ...
  • Pinto D., Darvishi K., Shi X., Rajan D., Rigler D., ...
  • Pongpanich M., Sullivan P. F. and Tzeng J.-Y. J. B ...
  • Purcell S., Neale B., Todd-Brown K., Thomas L., Ferreira M. ...
  • Reymond A., Henrichsen C. N., Harewood L. and Merla G. ...
  • Salomón-Torres R., González-Vizcarra V. M., Medina-Basulto G. E., Montaño-Gómez M. ...
  • Stranger B. E., Forrest M. S., Dunning M., Ingle C. ...
  • Teo Y. Y., Fry A. E., Clark T. G., Tai ...
  • Wain L. V., Armour J. A. and Tobin M. D. ...
  • Wang K., Li M., Hadley D., Liu R., Glessner J., ...
  • Wang X., Nahashon S., Feaster T. K., Bohannon-Stewart A. and ...
  • Winchester L., Yau C. and Ragoussis J. ۲۰۰۹. Comparing CNV ...
  • Wright D., Boije H., Meadows J. R., Bed'Hom B., Gourichon ...
  • Xi R., Hadjipanayis A. G., Luquette L. J., Kim T. ...
  • Xu L., Hou Y., Bickhart D., Song J. and Liu ...
  • Yan J., Blair H. T., Liu M., Li W., He ...
  • Yang L., Xu L., Zhou Y., Liu M., Wang L., ...
  • Yeo R. A., Gangestad S. W., Liu J., Calhoun V. ...
  • Yuan Z., Liu E., Liu Z., Kijas J. W., Zhu ...
  • Zhang F., GU W., Hurles M. E. and Lupski J. ...
  • Zhang X., Du R., Li S., Zhang F., Jin L. ...
  • Zhao M., Wang Q., Wang Q., Jia P. and Zhao ...
  • Zhu C., Fan H., Yuan Z., Hu S., Ma X., ...
  • نمایش کامل مراجع