شناسایی مولکولی و تعیین جایگاه تبارزایی ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگی استان کردستان بر اساس بخشی از ژن پلیمراز
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 103
فایل این مقاله در 11 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ARPP-7-2_008
تاریخ نمایه سازی: 15 اسفند 1401
چکیده مقاله:
چکیده علایم چروکیدگی و بدفرم شدن برگ در تعدادی از بوتههای توتفرنگی در مزارع توتفرنگی استان کردستان مشاهده گردید. با بررسی علایم این نمونهها احتمال داده شد که این علایم مربوط به آلودگی نمونهها به ویروس چروکیدگی توتفرنگی (Strawberry crinkle virus, SCV) باشد و برای اطمینان با آزمون RT-PCR بررسی شدند. در کل، تعداد ۵۵ نمونهی برگی (دارای علایم و بدون علایم) طی تابستان ۱۳۹۶ از مناطق مختلف استان کردستان جمعآوری و RNA کل با روش سیلیکا استخراج گردید و سپس cDNA آنها با استفاده از آغازگرهای تصادفی ششتایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعهای به طول ۳۴۵ جفت باز از ژن پلیمراز SCV تکثیر گردید. نتایج RT-PCR نشان داد که ۹/۵۰ درصد از نمونهها آلوده به ویروس SCV بودند. به منظور بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، هفت جدایه بر اساس منطقهی جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب شده و تعیین توالی شدند. جدایههای SCV توالییابی شده در این تحقیق به صورت یک زیرگروه مجزا در گروه تبارزایی اول قرار گرفتند. میانگین فاصلهی ژنتیکی در بین جدایههای توالییابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی ۰۰۵/۰ ± ۰۳۱/۰ و با سایر جدایههای موجود در ژن بانک ۰۱۴/۰ ± ۰۶۹/۰ بود. مقایسهی دوبه دوی توالیهای نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین تشابه نوکلئوتیدی به ترتیب میان جدایه SAr۶ با جدایه ۴MM از آرژانتین (۱/۹۵ درصد) و جدایه S۲۶ با جدایه HB-A۱ از هلند (۵/۸۶ درصد) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توتفرنگی استان کردستان و اولین گزارش از ردیابی مولکولی این ویروس در ایران میباشد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
محمد حاجی زاده
استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :