روابط تکاملی ساختار دمین پروتئین ATAXIN-۲ در گیاهان: بینش احتمالی دخالت این پروتئین در بومی سازی ترجمه در فرایند جنین زایی گیاه برنج (Oryza sativa)

سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 189

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAB-35-3_002

تاریخ نمایه سازی: 15 اسفند 1401

چکیده مقاله:

با توسعه فن آوری های تعیین توالی با توان بالا، داده های توالی با سرعت زیادی جمع آوری می شوند و تفسیر عملکرد آنها یک چالش اساسی است. ژنATXN۲ کد کننده پروتئینی با عملکرد ناشناخته در برنج (oryza sativa) است. هدف از این مطالعه، تعیین ساختار دمین و پیش بینی عملکرد این پروتئین بود. از این رو درخت فیلوژنی موتیف توالی با ۱۶۴ توالی اسید آمینه ATAXIN-۲ از ۴۵ گونه گیاهی توسط مجموعه MEME و نرم افزار Phylip آنالیز شد. نتایج، دو نوع کلی کلاس از پروتئین های ATAXIN-۲ را مشخص نمود. عدم وجود دمین LsmAD در یک کلاس ممکن است ویژگی های عملکردی متمایزی را نسبت به کلاس دیگر ATAXIN-۲ اعطا کند. در این پژوهش عملکرد ATAXIN-۲ به عنوان پروتئین های متصل شونده به RNA (RNA binding) پیش بینی شد که در تنظیم mRNA سیتوپلاسمی در جنین زایی برنج نقش دارد. یافته های این پژوهش می تواند اساس تحقیق در مورد عملکرد این پروتئین در هدف قرار دادن زیرمجموعه های جداگانه mRNA به مکان های زیر سلول در گیاهان باشد که توسط سلول های دو قطبی جنین برای ایجاد محفظه های عملکردی مشخص بکار گرفته می شود.

کلیدواژه ها:

پروتئین های متصل شونده به RNA ، پیش بینی عملکرد ، ترجمه موضعی ، فیلوژنتیک

نویسندگان

بهارک حیدری

استادیار گروه مهندسی کامپیوتر، واحد کرمانشاه، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمانشاه، ایران

شادی حیدری

دکتری، گروه اصلاح نباتات، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

پیوند حیدری

دکتری، گروه اصلاح نباتات، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Albrecht, M., Golatta, M., Wüllner, U. and Lengauer, T. (۲۰۰۴). ...
  • Bailey, T.L, Johnson. J., Grant, C.E. and Noble, W.S. (۲۰۱۵). ...
  • Brown, D. and Sjölander, K. (۲۰۰۶). Functional classification using phylogenomic ...
  • Camacho, C., Coulouris, G., Avagyan, V., Ma, N., Papadopoulos, J. ...
  • Capella-Gutierrez, S., Silla-Martinez, J.M, Gabaldon, T. (۲۰۰۹). trimAl: a tool ...
  • Chothia, C., Gough, J., Vogel, C. and Teichmann, S.A. (۲۰۰۳). ...
  • Eddy, S.R. (۲۰۱۱). Accelerated Profile HMM Searches. PLoS Comput. Biol., ...
  • Engelhardt, B.E., Jordan, M.I., Repo, S.T. and Brenner, S.E. (۲۰۰۹). ...
  • Finn, R.D., Coggill, P., Eberhardt, R. Y., Eddy, S. R., ...
  • Heidari, Sh. (۲۰۱۰). A study of gene expression and functional ...
  • Heidari, Sh., Azizinezhad, R. and Haghparast, R. (۲۰۱۷). Investigation on ...
  • Heidari, Sh., Azizinezhad, R., Haghparast, R. and P. Heidari. (۲۰۱۹). ...
  • Heidari, Sh., Heidari, P., Azizinezhad, R., Etminan, A. and Khosroshahli, ...
  • Heidary, P., Maleki Zanjani, B., Heidary, S. (۲۰۱۲). A study ...
  • Imai, K. and Nakai, K. (۲۰۱۰). Prediction of subcellular locations ...
  • Jeffery, W. R., Tomlinson, C. R. and Brodeur, R. D. ...
  • Jiménez-López, D. and Guzmán, P. (۲۰۱۴). Insights into the evolution ...
  • Kandler-Singer, I. and Kalthoff, K. (۱۹۷۶). RNase sensitivity of an ...
  • Katoh, K., Standley, D. M. (۲۰۱۳). MAFFT multiple sequence alignment ...
  • Kiehl, T. R., Nechiporuk, A., Figueroa, K. P., Keating, M. ...
  • Kiehl, T. R., Shibata, H. and Pulst, S. M. (۲۰۰۰). ...
  • Lastres-Becker, I., Rüb, U. and Auburger, G. (۲۰۰۸). Spinocerebellar ataxia ...
  • Lécuyer, E., Yoshida, H., Parthasarathy, N., Alm, C., Babak, T., ...
  • Li, Y. R., King, O. D., Shorter, J. and Gitler, ...
  • Marchler-Bauer, A., Zheng, C., Chitsaz, F., Derbyshire, M. K., Geer, ...
  • Medioni, C., Mowry, K. and Besse, F. (۲۰۱۲). Principles and ...
  • Nadzirin, N. and Firdaus-Raih, M. (۲۰۱۲). Proteins of unknown function ...
  • Nonhoff, U., Ralser, M., Welzel, F., Piccini, I., Balzereit, D., ...
  • Palacios, I. M. and St Johnston, D. (۲۰۰۱). Getting the ...
  • Retief, J. D. (۲۰۰۰). Phylogenetic Analysis Using PHYLIP. In: Misener ...
  • Shaw, S. L. and Quatrano, R. S. (۱۹۹۶). The role ...
  • von Mering, C., Huynen, M., Jaeggi, D., Schmidt, S., Bork, ...
  • Wong, K. C. (۲۰۱۹). Big data challenges in genome informatics. ...
  • نمایش کامل مراجع