مطالعه بیان افتراقی ژن های بافت رحم مرتبط با کیفیت پوسته تخم مرغ با استفاده از داده های ترانسکریپتومیکس

با توجه به نقش کیفیت مطلوب پوسته تخم مرغ در مواردی همچون حمل ونقل و تبادلات گازی محتوای داخل تخم مرغ با بیرون از آن و نیز یکی از روش­های بهبود صفات، با تکیه بر ساختار ژنتیکی صفت، اعمال انتخاب ژنتیکی است؛ در این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژن­های شاخص با بیان متفاوت، داده های خام توالی ترانسکریپتوم دو گروه مرغ با پوسته تخم سخت و ضعیف در سه مرحله از دوره­ آهکی شدن پوسته به ترتیب شامل مراحل شروع، رشد و خاتمه مورد بررسی قرار گرفت. ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) ۱۸ نمونه از بافت رحم با سه تکرار در هر مرحله از هر گروه از پایگاه داده NCBI اخذ گردید و سپس به ترتیب مراحل پیش پردازش خوانش ها با نرم افزارهای SRAtookit، fastQC و Trimmomatic، هم ردیفی و مکان یابی خوانش ها با نرم افزارهای Hisat۲ و Samtools و سپس آنالیز بیان و بیان افتراقی با پکیج نرم افزاری Cufflinks انجام شد، در انتها آنالیز هستی شناسی ژن های شاخص در دو پایگاه داده DAVID و Ensemble مورد بررسی قرار گرفت. در نتیجه آنالیز بیان افتراقی، ۲۸۸۳۳ ژن بر روی ترانسکریپتوم نمونه ها شناسایی شد که در نهایت، ۱۳۳۸ ژن در مرحله شروع، ۸۱ ژن در مرحله رشد و ۱۹۰ ژن در مرحله خاتمه با بیان متفاوت و معنی دار شناسایی شد (P<۰.۰۰۰۲۵). با در نظر گرفتن log۲(fold_change)> ۴ و log۲(fold_change)< -۴، ۵۱ ژن در مرحله شروع، دو ژن در مرحله رشد و چهار ژن در مرحله خاتمه به عنوان شاخص ترین ژن ها با بیان متفاوت و معنی دار مشخص شدند. آنالیز هستی شناسی ژن­های شاخص نشان داد، به طور عمده به ترتیب در فعالیت های اتصال پروتئین، تنظیم رونویسیDNA، پاسخ ایمنی، متابولیسم چربی و اتصال یون کلسیم نقش دارند.