تجزیه و تحلیل مجموعه های ژنی جهت شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات بیومتری در گوسفند
محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 32، شماره: 3
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 145
فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ANIMAL-32-3_008
تاریخ نمایه سازی: 26 فروردین 1402
چکیده مقاله:
زمینه مطالعاتی: شناسایی ژن های بزرگ اثر موثر بر صفات مهم اقتصادی یکی از مهم ترین اهداف اصلاح نژادی در پرورش گوسفند است. هدف: پژوهش حاضر با هدف مطالعه پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعه های ژنی برای شناسایی جایگاه های ژنی موثر بر وزن تولد و صفات بیومتری با استفاده از آرایه های ژنومی با تراکم بالا بوده است. روش کار: بدین منظور از اطلاعات رکورد های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با وزن تولد (BW)، طول بدن، (BL) ارتفاع قد از جدوگاه (WH) و دور سینه (CG) ۲۷۷ نمونه از گوسفند لوزهانگ استفاده شد. ابتدا آنالیز پیوستگی برای وزن تولد و صفات بیومتری در برنامه GEMMA انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt۲ ژن های معنی داری که در داخل و یا ۲۵ کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتایج: در این پژوهش تعداد ۱۴ نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم های ۲، ۳، ۵، ۷، ۱۱، ۱۳، ۱۷، ۱۹، ۲۰ و ۲۵ شناسایی شدند که با ژن های MYL۱، MYL۳، ACACA (BW)، PLCB۱ ، BMPR۱A، LRPPRC، PTBP۱، TMEM۱۱۷ (BL)، ADIPOR۲، SYN۳، TRAK۱ (WH) و PPARG، HMGA۱ (CG) مرتبط بودند. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد ۲۱ مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن تولد و بیومتری شناسایی شد (P˂۰.۰۵). از این بین، مسیرهایmuscle structure development ، carbohydrate derivative metabolic process، anatomical structure formation involved in morphogenesis، skeletal system development، positive regulation of ossification، muscle cell proliferationو GnRH signaling pathway عملکرد های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسکلتی، هموستازی گلوکز، فرآیند استخوان سازی، تنظیم یون کلسیم و فعال سازی مسیر سیگنال دهی MAPK بر عهده داشتند. نتیجه گیری نهایی: با توجه به تایید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه پویش ژنومی وزن تولد و صفات بیومتری و شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافته های این تحقیق می تواند در انتخاب ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی گوسفند مفید باشد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
حسین محمدی
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک.
مینگ شینگ چو
استاد انستیتو علوم دامی، آکادمی علوم کشاورزی چین، پکن، چین.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :