بررسی شناسایی پروتئینهای ضروری با استفاده از الگوریتم بهبود یافته جستجوی موضوع القا شده با ابرپیوند

پروتئینهای ضروری برای رشد و سازماندهی سلول حیاتی هستند. بر همین اساس، تشخیص و تجزیه وتحلیل پروتئینهای ضروری برای درک مکانیسم های مولکول ی سلولهای زنده و طراحی داروهای جدید از اهیمت زیادی برخوردار است. با توسعه فنآوریهای با توان بالا، بسیاری از داده های تعامل پروتئین-پروتئین (PPI) در دسترس است که مطالعات پروتئینهای ضروری را در سطح شبکه تسهیل میکند. اگرچه روشهای مختلفی پیشنهاد شده اند اما به دلیل دقت پایین، این روشها نیاز به بهبود دارند. در این مقاله، به بررسی یک روش جدید با محوریت استفاده جستجوی موضوع القا شده با ابر پیوند (HITS) در شبکه ها ی پروتئین-پروتیئن وزندار برای شناسایی پروتئینهای ضروری، به نام HSEP، پرداخته میشود. ابتدا یک شبکه PPI بدون جهت به یک شبکه PPI جهتدار تبدیل میشود. سپس، هم اطلاعات بیولوژیکی و هم ویژگیها ی توپولوژیکی شبکه برای شبکه ها ی PPI وزندار در نظر گرفته میشوند. اطلاعات بیولوژیکی شامل داده های بیان ژن، حاشیه نویسی و محلی سازی درون سلولی است . ضریب خوشه بندی یال به عنوان ویژگ یهای توپولوژیکی شبکه PPI، برای اندازه گیری نزدیکی دو گره متصل مورد استفاده قرار می گیرد. در HSEPآزمایشهایی بر روی دو گونه به نامهای Saccharomyces cerevisiae وDrosophila melanogasterانجام شده است و نتایج تجربی نشان میدهد که HSEP از برخی تکنیکهای پیشرفته شناسایی پروتئینهای ضروری بهتر عمل میکند.