بررسی بیوانفورماتیکی خاصیت ضد ویروسی فلاونوئید گیاهی Rhamnetin به منظور مهار پروتئاز ویروس HIV

مقدمه : ویروس HIV برای عفونت زایی نیاز به فعالیت پروتئازی آنزیم شبیه به پپسین دارد بنابراین در اکثر موارد به منظورکنترل این ویروس مهار کننده های پروتئاز HIV مورد هدف قرار داده می شود. با توجه به اهمیت عملکرد این آنزیم ، هدف این مطالعه بررسی اثر مهارکنندگی ترکیب گیاهی Rhmnetin بر فعالیت پروتئاز HIV به روش داکینگ مولکولی می باشد.روشها: در این مطالعه ، برای بررسی نحوه اتصال ترکیبات به جایگاه فعال آنزیم ، ترسیم ساختار شیمیایی ترکیبات، بهینه سازی انرژی، مطالعات داکینگ و تجزیه و تحلیل های نهایی به ترتیب از نرم افزارهای ChemDraw، Hyoerchwm،AutoDockTools، DS Visualizer و Lig plot استفاده شد.یافته ها: ترکیب مورد مطالعه قادر به اشغال جایگاه فعال پروتئاز HIV، با سطح انرژی kcal/mol ۹۵.۴- بوده و تمایل زیادی برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم دارد و با آمینواسید های ۵۰A:Ily، ۴۸A:Gly، ۳۰A:Asp، ۴۹B:Gly پیوند هیدروژنی برقرار می کند که پیوند هیدروژنی ۳۰A:Asp با لیگاند، مشابه پیوند هیدوژنی کوکریستال است .نتیجه گیری: با در نظر گرفتن این که ترکیب مورد مطالعه در بررسی های داکینگ مولکولی ، قادر به اتصال به جایگاه فعال پروتئاز ویروس HIV هست ، می توان برای بررسی های تکمیلی ، اثر این ترکیب را شرایط آزمایشگاهی مورد بررسی و آنالیز قرار داد.