تجزیه و تحلیل مقایسه ای داده های ریزآرایه برای شناسایی تمایز بین دو رده سلولی سرطان پروستات: رویکردی برای معرفی نشانگرهای زیستی بالقوه

تکنولوژی ریزآرایه زمینه تجزیه و تحلیل بیان ژن با توان عملیاتی بالا را امکان پذیر می کند به نحوی که استفاده از داده های ریز آرایه سبب فهم بهتر مکانیسم های مولکولی و معماری ژنتیکی در دهه گذشته شده است. هدف این مطالعه تجزیه و تحلیل مقایسه ایی داده های ریزآرایه دو لاین سلولی سرطان پروستات LNCap و PC-۳ برای شناسایی نشانگرهای زیستی بالقوه سرطان پروستات به شیوه ای سیستماتیک و قدرتمند می باشد. مجموعه داده ریزآرایه GSE۱۳۱۳۱ مشتمل بر ۲ رده سلولی LNCaP و PC-۳ از پایگاه داده بیان ژن GEO انتخاب و با استفاده از ابزار آنلاین GEO۲R آنالیز شدند. تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن (GO) و غنی سازی ژن ها در مسیر KEGG با استفاده از پایگاه داده حاشیه نویسی، تجسم و کشف یکپارچه (DAVID) انجام شد و با استفاده از پلاگین Cytohubba ژن های اصلی دارای تعاملات زیاد (هاب ژن های اصلی) شناسایی شدند و در نهایت ماژول های اصلی اثر گذار مشخص شدند. نتایج تجزیه و تحلیل مقایسه ای داده های ریزآرایه در این پژوهش نشان داد که در بین ژن های مشترک بیان شده تعداد ۳۱۶ ژن کاهش بیان و ۴۳۵ ژن افزایش بیان داشته اند (p <۰.۰۵). نتایج تحلیل شبکه بر همکنش پروتئین ها نشان داد که ژن های کاندید در ۲ رده سلولی LNCaP و PC-۳ به ترتیب شامل: MET, AR, CAV۱, CSF۲, CCL۲, CD۸A, PTEN, MMP۹, CD۴۴و MMP۱ می باشند. نتایج غنی سازی ژن ها و بررسی های بیولوژیکی نشان داد که عمده مسیر های غنی شده با پروتئوگلیکان های سرطان، سرطان پروستات و متابولیسم دارو- سیتوکروم P۴۵۰ در ارتباط می باشد. از اینرو نتایج این تحقیق می تواند مبنایی برای تحقیقات آتی جهت کاوش بیشتر و ایجاد مدل های آزمایشگاهی با هدف توسعه عوامل درمانی قرار گیرد.