شناسایی ژن های متفاوت بیان شده در ژژنوم در مقایسه با ایلئوم روده بوقلمون بومی ایران با استفاده از تکنیک RNA-seq

از آنجائیکه روده به عنوان محل اصلی هضم و جذب مواد غذایی، محسوب می شود و با توجه به نقش مهم سلول های روده در متابولیسم خوراک، در این مطالعه به شناسایی و مقایسه ژن های بیان شده در دو بخش ژژنوم و ایلیوم روده بوقلمون نر بومی ایران با استفاده از تکنیک RNA-seq پرداخته شد. نمونه های بافت ژژنوم و بافت ایلئوم که از ۳ قطعه بوقلمون نر بومی جدا شده بود و در فریزر ۸۰- قرار داشت، خارج شد و طبق پروتکل کیت، استخراج RNA انجام گرفت و به شرکت نووژن کشور چین جهت توالی یابی ارسال شد. توالی یابی با استفاده از دستگاه HiSeq۲۵۰۰ و پلت فرم Illumina انجام شد و در این پلت فرم از کیت TrueSeq RNA Library Preparation Kit V۲ استفاده شد. آنالیز داده های RNA-Seq تحت سیستم عامل لینوکس و توسط نرم افزارهای FastQC, Trimmomatic, Hisat۲ and Cuffdiff انجام شد و ۴۱ ژن متفاوت بیان شده در بافت ژژنوم در مقایسه با بافت ایلیوم شناسایی شد (P-value<۰.۰۵). تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن (GO) با استفاده از DAVID انجام شد و با استفاده از پلاگین Cytohubba هفت ژن APOA۴ , CYP۳A۳۷, APOB , SLC۲A۲ F۱۱, , TM۴SF۴ و TM۶SF۲ به عنوان هاب ژن های اصلی شناسایی شدند.