مطالعه پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر مرتبط با صفت تعداد سرپستانک در گوسفند

زمینه مطالعاتی: تعداد سرپستانک ها، صفت مهمی در رابطه با قابلیت مادری گوسفندان چند قلوزا است، شناخت عملکرد ژنتیکی و جایگاه های ژنی کنترل کننده این صفت در ژنوم گونه های مختلف حائز اهمیت است. گوسفندان چند قلوزا به صورت بالقوه به ایمنوگلوبولین های دریافتی از آغوز به دلیل ساختار جفت در ساعات ابتدایی تولد وابسته هستند. لذا تعداد سرپستانک ها، زمانی که در یک زایش تعداد نتاج متولد شده بیشتری نسبت به تعداد پستانک ها وجود داشته باشد، نقش مهمی ایفاء می کند. هدف: پژوهش حاضر، با هدف مطالعه ی پویش ژنومی بر اساس آنالیز مجموعه های ژنی، برای شناسایی جایگاه های ژنی موثر بر صفت تعداد سر پستانک، با استفاده از آرایه های ژنومی با تراکم بالا است. روش کار: از اطلاعات رکورد های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با صفت تعداد سرپستانک ۱۶۰ نمونه از گوسفند هوی استفاده شد. آنالیز پیوستگی در نرم افزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته ی نرم افزاری biomaRt۲ ژن های معنی داری که در داخل و یا ۲۵ کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، مجموعه ی ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا، از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER تفسیر شدند. نتایج: در این پژوهش نشانگرهای تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم های ۳، ۵، ۷، ۸، ۱۲، ۱۴ و ۱۷ شناسایی شدند که با ژن های CDH۱۱، NUMB، FGF۲ ، ESR۱ ، LGR۵ ، INSR و PTGS۲ مرتبط بودند. در تفسیر مجموعه ژنی، تعداد ۱۱ مسیر هستی شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفت تعداد سرپستانک شناسایی شد (P˂۰.۰۵). از این بین، مسیرهای Blastocyst development، Mesenchymal cell development، Developmental growth involved in morphogenesis، Muscle cell differentiation، AMPK signaling pathway و Regulation of lipolysis in adipocytes عملکرد های مهمی را در ارتباط با رشد و توسعه ی غدد پستانی و فعال سازی مسیر سیگنال دهی AMPK بر عهده داشتند. نتیجه گیری نهایی: با توجه به تایید نتایج حاصل از مطالعات قبلی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، می توان کارایی روش پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در این صفت و صفاتی مشابه را مورد تایید قرار داد.