مطالعه بیان افتراقی ژن های مرتبط با باروری در بافت جسم زرد گاو نژاد هلشتاین با استفاده از داده های RNA-Seq

صفت باروری بعنوان عامل اصلی برای تداوم سودآوری در مزارع گاو شیرده محسوب می شود. پژوهش حاضر، به منظور تعیین ژن های بیان شده افتراقی در باروری گاو نژاد هلشتاین با استفاده از داده های ترانسکریپتوم صورت گرفت. بدین منظور، در مجموع نمونه بافت جسم زرد ۱۸ راس گاو نژاد هلشتاین با نوبت زایش ۲ به بالا که به صورت ترکیب شد(Pooling)  در دو گروه با باروری زیاد و باروری کم هر کدام در سه تکرار بیولوژیک تقسیم بندی شده بودند استفاده شد. تمامی مراحل آماده سازی توالی های خام و تجزیه و تحلیل آن ها در پلتفرم گالاکسی نسخه ۰۱/۲۲ انجام شد و متعاقبا، هستی شناسی ژن با استفاده از پایگاه داده DAVID نسخه ۲۰۲۱ صورت پذیرفت. در نهایت، نتایج آنالیز بیان افتراقی ژن در بافت جسم زرد نشان داد که از ۱۳۰۴۹ رونوشت ترانسکریپتومی بیان شده، ۱۹ ژن به عنوان ترانسکریپتوم های شاخص عمل کرده اند (q-   value≤۰.۰۵).  همچنین، ژن های UBE۳B، NIF۳L۱ و ORC۲ سه ژن شاخص عملکردی بودند که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند. ژن UBE۳B در فرآیند های بیولوژیک به عنوان پروتئین درگیر در فرآیند کاتابولیک پروتئین وابسته به یوبیکوئیتین است. در جهت تفسیر بیشتر نتایج، ژن NIF۳L۱ در فرایند بیولوژیک تمایز نورون، تنظیم مثبت رونویسی، الگوی DNA، تنظیم منفی رونویسی با الگوی اسید نوکلئیک، نقش دارد. همچنین، ژن ORC۲ در فرایند بیولوژیک همانندسازی DNA نقش بازی می کند. ژن های KRT۸، PHLDB۳، PPT۲، LOC۷۸۷۶۲۸، PPYR۱، TOX، TP۷۳، DHX۸، KCNN۱، CLEC۶A، PXMP۴، LRRC۲۶، SLC۳۴A۳ و OR۱۳C۷ در گاوهای با باروری کم، مقدار بیان بیشتری در جسم زرد نشان داده است. سه ژن PPT۲ ، PPYR۱ و CLEC۶A جزو ژن های شاخص محسوب می شوند. به عنوان نتیجه گیری کلی، جایگاه های UBE۳B، NIF۳L۱ و ORC۲ که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند می توانند بعنوان ژن های شاخص عملکردی در انتخاب ژنتیکی گاوهای شیری مورد استفاده قرار گیرند.