ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

Identification of miRNAs and Their Target Genes in Taraxacum spp

محل انتشار: مجله علوم و فناوری کشاورزی، دوره: 24، شماره: 6
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 54

فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1816017

شناسه ملی سند علمی:

JR_JASTMO-24-6_005

تاریخ نمایه سازی: 22 آبان 1402

چکیده مقاله:

MicroRNAs are endogenous noncoding RNA that play vital roles in all plant cellular metabolic processes by mediating target gene expression. To date, miRNAs in Taraxacum spp., which is an important industrial plant, have remained largely unknown. In the present study, ۹۷۰ miRNAs from ۳۹۹ families were identified in Taraxacum spp by conducting computational approaches. The most frequent miRNAs in Taraxacum spp was miR۵۰۲۱. According to the KEGG results, miR۵۰۲۱, miR۸۳۸, and miR۱۵۳۳ are related to the terpene biosynthesis pathway, while miR۵۰۱۵b, and miR۱۴۳۶ are involved in the starch and sucrose biosynthesis pathways. Quantitative real-time PCR assay was performed to validate the expression levels of five predicted miRNAs and ۳-Hydroxy-۳-Methylglutaryl Coenzyme A Reductase (HMGCR) and invertase as the target genes. Results indicated that the highest relative expression of miR۱۵۳۳ and miR۱۴۳۶ occurred in the flower, while the highest transcripts levels of miR۵۰۱۵b were observed in the stem. In addition, the higher relative expression level of the miR۵۰۲۱ and miR۸۳۸ was consistent with the lower expression level of the HMGCR gene in all tissue, suggesting that miR۵۰۲۱ and miR۸۳۸ are involved in regulating HMGCR gene expression. Since mevalonate pathway is the main source of isopentenyl pyrophosphate, which is used in the synthesis of rubber, miR۵۰۲۱ and miR۸۳۸ play an important role in the production of rubber by regulating the expression of HMGCR enzyme. These findings will accelerate future perspective studies on the regulatory mechanisms of miRNAs in Taraxacum kok-saghyz.

کلیدواژه ها:

MicroRNA ، Natural rubber ، RNA-seq ، Taraxacum kok-saghyz ، Terpene.

نویسندگان

A. A. Karimi

Division of Biotechnology, Department of Agronomy and Plant Breeding, College of Agricultural and Natural Resources, University of Tehran, P.O. Box: ۳۱۵۸۷–۱۱۱۶۷, Karaj, Islamic Republic of Iran.

M. R. Naghavi

Division of Biotechnology, Department of Agronomy and Plant Breeding, College of Agricultural and Natural Resources, University of Tehran, P.O. Box: ۳۱۵۸۷–۱۱۱۶۷, Karaj, Islamic Republic of Iran.

S. A. Peyghambari

Division of Biotechnology, Department of Agronomy and Plant Breeding, College of Agricultural and Natural Resources, University of Tehran, P.O. Box: ۳۱۵۸۷–۱۱۱۶۷, Karaj, Islamic Republic of Iran.

A. Sobhani

Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran - Isfahan Branch, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), P. O. Box: ۸۵۱۳۵-۴۸۷, Isfahan, Islamic Republic of Iran.

A. Rasoulnia

Division of Biotechnology, Department of Agronomy and Plant Breeding, College of Agricultural and Natural Resources, University of Tehran, P.O. Box: ۳۱۵۸۷–۱۱۱۶۷, Karaj, Islamic Republic of Iran.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Baldrich, P., Beric, A. and Meyers, B.C. ۲۰۱۸. Despacito: The ...
  • Bolger, A.M., Lohse, M. and Usadel, B. ۲۰۱۴. Trimmomatic: A ...
  • Chen, C., Ridzon, D. A., Broomer, A. J., Zhou, Z., ...
  • Conesa, A., Götz, S., García-Gómez, J. M., Terol, J., Talón, ...
  • Dai, X. and Zhao, P. X. ۲۰۱۱. psRNATarget: A Plant ...
  • Duan, J., Xia, C., Zhao, G., Jia, J. and Kong, ...
  • Fan, R., Li, Y., Li, C. and Zhang, Y. ۲۰۱۵. ...
  • Frazier, T.P., Xie, F., Freistaedter, A., Burklew, C. E. and ...
  • Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, ...
  • Hammond, S. M. ۲۰۱۵. An Overview of MicroRNAs. Adv. Drug ...
  • Hayashi, Y. ۲۰۰۹. Production of Natural Rubber from Para Rubber ...
  • Huang, X. and Madan, A., ۱۹۹۹. CAP۳: A DNA Sequence ...
  • Huber, M., Triebwasser-Freese, D., Reichelt, M., Heiling, S., Paetz, C., ...
  • Jung, H. J., Park, S. J. and Kang, H. ۲۰۱۳. ...
  • Kanehisa, M. and Goto, S. ۲۰۰۰. KEGG: Kyoto Encyclopedia of ...
  • Karimi, A. A., Naghavi, M. R., Peyghambari, S. A. and ...
  • Li, L., Xu, J., Yang, D., Tan, X. and Wang, ...
  • Luo, Z., Iaffaldano, B.J., Zhuang, X., Fresnedo-Ramírez, J. and Cornish, ...
  • Mandhan, V., Kaur, J. and Singh, K. ۲۰۱۲. smRNAome Profiling ...
  • Mehta, A., Gupta, H., Rawal, R., Mankad, A., Tiwari, T., ...
  • Mooibroek, H. and Cornish, K. ۲۰۰۰. Alternative Sources of Natural ...
  • Najafabadi, A. S. and Naghavi, M. R. ۲۰۱۸. Mining Ferula ...
  • Nowicki, M., Zhao, Y., Boggess, S. L., Fluess, H., Payá-Milans, ...
  • Numnark, S., Mhuantong, W., Ingsriswang, S. and Wichadakul, D. ۲۰۱۲. ...
  • Panara, F., Lopez, L., Daddiego, L., Fantini, E., Facella, P. ...
  • Pani, A. and Mahapatra, R.K., ۲۰۱۳. Computational Identification of MicroRNAs ...
  • Patel, S. and Goyal, A. ۲۰۱۲. The Current Trends and ...
  • Pfaffl, M. W., Horgan, G. W. and Dempfle, L. ۲۰۰۲. ...
  • Ramirez-Cadavid, D. A., Cornish, K. and Michel Jr, F. C. ...
  • Sabzehzari, M. and Naghavi, M. ۲۰۱۹. Phyto-miRNA: A Molecule with ...
  • Salehi, M., Bahmankar, M., Naghavi, M. and Cornish, K. ۲۰۲۲. ...
  • Samad, A. F., Sajad, M., Nazaruddin, N., Fauzi, I.A., Murad, ...
  • Singh, N. and Sharma, A. ۲۰۱۴. In-Silico Identification of miRNAs ...
  • Singh, N., Srivastava, S., Shasany, A. K. and Sharma, A. ...
  • Singh, V. K., Singh, A. K., Singh, S. and Singh, ...
  • Smith-Unna, R., Boursnell, C., Patro, R., Hibberd, J. M. and ...
  • Srivastava, S., Singh, N., Srivastava, G. and Sharma, A. ۲۰۱۷. ...
  • Su, G., Morris, J.H., Demchak, B. and Bader, G. D. ...
  • Tauzin, A. S. and Giardina, T. ۲۰۱۴. Sucrose and Invertases, ...
  • Tian, T., Wang, J. and Zhou, X. ۲۰۱۵. A Review: ...
  • Van Beilen, J. B. and Poirier, Y. ۲۰۰۷. Establishment of ...
  • Varkonyi-Gasic, E., Wu, R., Wood, M., Walton, E. F. and ...
  • Wang, L., Zheng, Y., Ding, S., Zhang, Q., Chen, Y. ...
  • Wang, M., Wang, Q. and Wang, B. ۲۰۱۲. Identification and ...
  • Warde-Farley, D., Donaldson, S.L., Comes, O., Zuberi, K., Badrawi, R., ...
  • Xie, F., Frazier, T. P. and Zhang, B. ۲۰۱۰. Identification ...
  • Ye, J., Fang, L., Zheng, H., Zhang, Y., Chen, J., ...
  • Zhang, B., Pan, X., Cannon, C. H., Cobb, G. P. ...
  • Zhang, B., Pan, X., Cox, S., Cobb, G. and Anderson, ...
    • نمایش کامل مراجع