بکارگیری روش HRM در شناسایی و تفریق جدایه های ایرانی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه های واکسینال

برای کنترل همه گیری ها لازم است تا حضور ویروس های حاد از واکسن در کمترین زمان ممکن و با بیشترین دقت تشخیص داده شود. هدف از این مطالعه، بکارگیری روش HRM (High-Resolution Melting-Curve Analysis) در شناسایی و تفریق جدایه های بومی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه های واکسن بود. در این مطالعه ۵ جدایه حادNDV همراه با ۶ نمونه از واکسن های نیوکاسل موجود در بازار ایران مورد استفاده قرار گرفتند. بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن F، ۸ جفت پرایمر ( H–A ) برای آنالیز HRM طراحی و ساخته شدند. در مرحله نخست ۲ ویروس واکسن و یک ویروس حاد با هر ۸ جفت پرایمر آنالیز شدند. بر اساس نتایج حاصله، در مرحله بعد ۳ جفت پرایمر از بین آنها انتخاب و تمام ویروسها مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از نرم افزار، الگوهای بدست آمده از ویروس های وحشی با الگوهای حاصل از واکسن مقایسه شدند. با استفاده از جفت پرایمرهای A، B، C، F و H دمای ذوب سویه های واکسن بالاتر از جدایه های حاد به دست آمد، اما با پرایمرهای D، E و G این حالت دیده نشد. بر اساس آنالیز منحنی های HRM در این مطالعه، جفت پرایمرهای B و H توانستند بهتر از سایرجفت پرایمرها سویه های واکسن را از یکدیگر و از جدایه حاد تفکیک کنند. براساس یافته های حاصل از این مطالعه می توان نتیجه گرفت که با استفاده از آنالیز HRM و انتخاب پرایمرهای مناسب می توان در مدت زمان کوتاه و با دقت بالا در مقایسه با سایر روش های رایج قبلی نظیر انجام آزمایش های تعیین شاخص های بیماری زایی، آزمون RT-PCR و تعیین توالی نوکلئوتیدی اقدام به تفکیک و تعیین حدت ویروس های نیوکاسل و تشخیص ویروس های حاد از ویروس های واکسن کرد