ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

طراحی یک پپتید چهار اسیدآمینه ای نوین برای مهار دومین BIR۳ پروتئین XIAP به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی

محل انتشار: مجله یافته های نوین در علوم زیستی، دوره: 5، شماره: 2
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 139

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1834982

شناسه ملی سند علمی:

JR_NBR-5-2_008

تاریخ نمایه سازی: 8 آذر 1402

چکیده مقاله:

پروتئین XIAP یکی از اعضای پروتئین های مهارکننده آپوپتوز یا مرگ برنامه ریزی شده یاخته (خانواده IAP) است. پروتئین XIAP نقش باارزشی در مهار آپوپتوز بازی می کند و دربرگیرنده سه دومین BIR (Baculoviral IAP Repeat) است. دومین سوم این پروتئین یعنی BIR۳ به طور مستقیم به پایانه N پروتئین کاسپاز ۹ متصل می شود و آپوپتوز را مهار می کند. نشان داده شده است که چهار اسیدآمینه پایانه N پروتئین SMAC یعنی AVPI می توانند به BIR۳ متصل شوند و آن را مهار کنند و بنابراین، آپوپتوز را به راه اندازند. در این پژوهش ۱۵ پپتید به دومین BIR۳ داک شده اند و سپس ۱۰ نانوثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی روی هر کمپلکس به دست آمده از داکینگ انجام شد. سپس از روش مکانیک مولکولی پوازی بولتزمن سطح در دسترس حلال (MM/PBSA) برای برآورد انرژی اتصال آزاد پپتیدها به دومین BIR۳ استفاده شد. نتایج روش MM/PBSA هماهنگی نسبی با روش داکینگ وهماهنگی خوبی با نتایج تجربی موجود داشتند. نتایج نشان داد که بهترین پپتیدها با کمترین انرژی آزاد اتصال عبارت اند از ATPF و AKPW و ARPF. همچنین بررسی پیوندهای میان این پپتیدها و دومین BIR۳ در ساختار نهایی کمپلکس ها آشکار کرد که لوسین ۳۰۷ و ترئونین ۳۰۸ و گلوتامات ۳۱۴ و تیروزین ۳۲۴ دومین BIR۳ برای اتصال پپتیدها ضروری هستند. نتایج تفکیک انرژی آزاد و تعیین سهم باقی مانده های شکاف دومین BIR۳ در اتصال به این پپتیدها در طول شبیه سازی نیز هماهنگ با نتایج پیشین بود و نقش همان باقی مانده ها را در اتصال نشان می داد. همچنین گرایش بالای این پپتیدها نسبت به پپتید طبیعی ((AVPI و مقایسه آنها با سایر پپتیدها آشکار می کند که وجود بار مثبت در جایگاه دوم پپتید و وجود گروه هیدروفوب آروماتیک در جایگاه چهارم پپتید باعث افزایش قدرت اتصال پپتید می شود.

کلیدواژه ها:

apoptosis ، cancer ، docking ، MM/PBSA method ، آپوپتوز ، پروتئین ، داکینگ ، روش مکانیک مولکولی و پوازی بولتزمن- سطح در دسترس حلال ، سرطان

نویسندگان

Karim Mahnam

Shahrkord University

Fatemeh Mirahmadi Babaheidari

Shahrkord University

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Bagheri, S., Davoodi, J., Saboury, A.A. and Salmanian, A.H. ۲۰۱۲. ...
  • Baker, N.A., Sept, D., Joseph, S., Holst, M.J. and McCammon, ...
  • Berendsen, H.J.C., Van Der Spoel, D. and Van Drunen, R. ...
  • Cai, Q., Sun, H., Peng, Y., Lu, J., Nikolovska-Coleska, Z., ...
  • Carter, B.Z., Milella, M., Tsao, T., Mcqueen, T., Schober, W.D., ...
  • Cornell, W.D., Cieplak, P., Bayly, C.I. and Kollmann, P.A. ۱۹۹۳. ...
  • Cossu, F., Mastrangelo, E., Milani, M., Sorrentino, G., Lecis, D., ...
  • Flygare, J.A., Beresini, M., Budha, N., Chan, H., Chan, I., ...
  • Frisch, M.J., Trucks, G.W., Schlegel, H.B., Scuseria, G.E., Robb, M.A., ...
  • Fulda, S., Wick, W., Weller, M. and Debatin, K.M. ۲۰۰۲. ...
  • Genheden, S. and Ryde, U. ۲۰۱۵. The MM/PBSA and MM/GBSA ...
  • Hess, B., Kutzner, C., Van Der Spoel, D. and Lindahl, ...
  • Huang, Z. ۲۰۰۲. The chemical biology of apoptosis: Exploring protein-protein ...
  • Kashkar, H. ۲۰۱۰. X-linked inhibitor of apoptosis: A chemoresistance factor ...
  • Kipp, R.A., Case, M.A., Wist, A.D., Cresson, C.M., Carrell, M., ...
  • Kollman, P.A., Massova, I., Reyes, C., Kuhn, B., Huo, S., ...
  • Kumari, R., Kumari, R., Anusandhan, B. and Lynn, A. ۲۰۱۴. ...
  • Li, J. ۲۰۰۵. Handbook of materials modelling. – Springer Netherlands. ...
  • Lindahl, E., Hess, B., Van Buuren, A.R., Apol, E., Meulenhoff, ...
  • Ling, B., Zhang, R., Wang, Z., Liu, Y. and Liu, ...
  • Liu, Z., Sun, C., Olejniczak, E.T., Meadows, R.P., Betz, S.F., ...
  • Mahnam, K. and Hoghoughi, A. ۲۰۱۴. In silico studies on ...
  • Mannhold, R., Fulda, S. and Carosati, E. ۲۰۱۰. IAP antagonists: ...
  • Mcllwain, D.R., Berger, T. and Mak, T.W. ۲۰۱۵. Caspase functions ...
  • Morris, GM., goodsell, D.S., Halliday, R.S., Huey, R., Hart, W.E., ...
  • Morris, G.M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M., Belew, R., ...
  • Seiter, M.A., Salcher, S., Rupp, M., Hagenbachner, J., Kiechl-Kohlendorfer, U., ...
  • Sousa da silva, A.W. and Vranken, W.F. ۲۰۱۲. ACPYPE-antechamber python ...
  • Sun, C., Cai, M., Meadows, R.P., Xu, N., Gunasekera, A.H., ...
  • Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., ...
  • Wallace, A.C., Laskowski, R.A. and Thornton, J.M. ۱۹۹۵. LIGPLOT: a ...
  • Wu, G., Chai, J., Suber, T.L., Wu, J.W., Du, C., ...
  • Wu, H., Che, X., Zheng, Q., Wu, A., Pan, K., ...
  • Yang, C.Y., Sun, H., Chen, J., Nikolovska-Coleska, Z. and Wang, ...
    • نمایش کامل مراجع