ردیابی نشانه های انتخاب، شناسایی جزایر همخونی و ژن های مرتبط با تعداد نتاج متولد شده در گوسفندان نژاد زندی
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 15، شماره: 3
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 37
فایل این مقاله در 18 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-15-3_013
تاریخ نمایه سازی: 5 دی 1402
چکیده مقاله:
هدف: محل رشته های هموزیگوت که به طور مستمر تحت انتخاب هستند یا حاوی جهش های مطلوب اند، تمایل به تثبیت شدن در ژنوم دارند و در طی سال ها جزایر ROH را تشکیل می دهند. همچنین انتخاب در جهت افزایش فراوانی جهش های جدید، باعث به جا گذاشتن نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. از آنجایی که این مناطق غالبا صفات مهم اقتصادی را کنترل می-کنند، در نتیجه شناسایی این مناطق از موضوعات اساسی در مباحث ژنتیک حیوانی می باشد. مواد و روش ها: بدین منظور برای شناسایی نشانه های انتخاب و شناسایی جزایر ROH، ۸۱ راس گوسفند بومی زندی شامل میش های دوقلوزا (۴۲ راس) میش های تک قلوزا (۳۹ راس) با استفاده از آرایه های ۵۰K گوسفندی تعیین ژنوتیپ شدند. برای شناسایی نشانه های انتخاب از آماره نااریب تتا به وسیله نرم افزارR استفاده شد. ژن های کاندیدا با استفاده از SNP هایی که در بازه ی ۱/۰ درصد بالای ارزش تتا، واقع شده بودند با استفاده از برنامه BioMart در محیط Ensemble Genome Browser ۱۰۹ شناسایی شدند. قطعات هموزیگوت ژنومی با برنامه detectRUNS محاسبه شد. یک درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت ژنومی به عنوان جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج: با استفاده از آماره تتا مناطق ژنومی که تفرق جمعیتی بالایی داشتند، روی کروموزوم های ۱ (سه منطقه)، ۲ (دو منطقه)، ۵، ۶ (دو منطقه)، ۸ (دو منطقه)، ۱۰ و ۲۵ شناسایی شدند. در این پژوهش، ۱۶ جزیره ROH با طول ۴۶/۲۷۰ کیلوبازی تا ۲۵/۸ مگا بازی مرتبط با صفت شناسایی شد. توزیع جزایر ROH در ژنوم یکنواخت نبود، بطوریکه بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب بر روی کروموزوم های ۱ و ۲۴ مشاهده شد. بررسی ژن های گزارش شده در این مناطق نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژن های PER۲، KCNH۷، CLCN۳، UTG۸ و EPHA۵ قرار داشتند. بررسی بیوانفورماتیکی این مناطق نشان داد، ژن های موجود در این مناطق با رشد و توسعه سلول های گرانولوزا ، نرخ تخمک اندازی، انتقال لیپید به سلول-های استروئیدی و رشد ابتدایی جنین مرتبط هستند. نتیجه گیری: نتایج این پژوهش نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سال های متوالی، منجر به شکل گیری قطعات هموزیگوت ژنومی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش این جزایر در سطح ژنوم می-تواند به عنوان راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد. به هر حال، جهت شناسایی دقیق این ژن ها و QTLها لازم است مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام شود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
حسین محمدی
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
حسین مرادی شهربابک
استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهران.
امیر حسین خلت ابادی فراهانی
دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :