Single-Nucleotide Polymorphisms in Host Pattern-Recognition Receptors Show Association with Antiviral Responses against SARS-CoV-۲, in-silico Trial
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 39
فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JMMI-8-2_006
تاریخ نمایه سازی: 29 بهمن 1402
چکیده مقاله:
Introduction: Coronavirus infectious disease ۲۰۱۹ (COVID-۱۹) is a viral infection caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus ۲ (SARS-CoV-۲). Pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) can be detected by host pattern-recognition receptors (PRRs) expressed in inherent immune cells. The polymorphisms in PRRs leads to different recognizing and immune responses against viral infections. Methods: Single-nucleotide polymorphisms of PRRs, minor allele frequency (MAF), and their geographical distribution were obtained from the Ensembl genome database. Interaction between the common polymorphic forms of PRRs (including TLR۳, TLR۷, RIG-۱, and MDA-۵) and SARS-CoV-۲ virus genome (dsRNA) were predicted using the hybrid protein-RNA docking algorithm HDOCK server. Also, the global distribution of common SNPs and their MAFs were statistically analyzed using SPSS, ver.۱۶. Results: The wild-type TLR۳ and TLR۳ SNP rs۷۳۸۷۳۷۱۰ had the same docking energy score (-۳۳۰.۴۸ kcal/mol), and had lower docking energy scores compared to the other two SNPs, rs۳۷۷۵۲۹۰ and rs۳۷۷۵۲۹۱ (-۳۰۱.۴۲ and -۲۹۵.۸۱ kcal/mol, respectively). TLR۷ SNP rs۱۷۹۰۰۸ had a higher docking energy score (-۴۲۳.۰۳ kcal/mol), comparing to the wild-type TLR۷ (-۴۴۵.۴۶ kcal/mol). Also, there was a statistically significant direct relationship between MAF of TLR۳ SNP rs۳۷۷۵۲۹۰ and rs۳۷۷۵۲۹۱ with SARS-CoV-۲ prevalence (P=۰.۰۲۱ and P=۰.۰۲۳, respectively) and prevalence/population ratio of COVID-۱۹ (P=۰.۰۲۶ and P<۰.۰۰۱, respectably). Conclusion: Wild-type TLR۳ and TLR۳ SNP rs۷۳۸۷۳۷۱۰ can recognize the SARS-CoV-۲ dsRNA genome through a better performance compared to TLR۳ SNP rs۳۷۷۵۲۹۰ and TLR۳ SNP rs۳۷۷۵۲۹۱. Therefore, our in-silico study established that PRRs SNPs are associated with antiviral responses against SARS-CoV-۲.
کلیدواژه ها:
COVID-۱۹ ، Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus ۲ ، Polymorphism ، Single Nucleotide ، Pathogen-Associated ، Molecular Pattern Molecules
نویسندگان
Hossein Teimouri
Department of Microbiology, School of Medicine, Golestan University of Medical Sciences, Gorgan, Iran
Amirhosein Maali
Pasteur Institute of Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :