بررسی بیوانفورماتیکی پروتئین های شبه‌دایسر (Diser-like) در گیاه خیار (Cucumis sativus L)

فرایند خاموشی ژن و پروتئین های دخیل در آن، چند سالی است که به یکی از مباحث جذاب در حوزه‌ی ژنتیک و بیوتکنولوژی تبدیل شده است. یکی از پروتئین های موثر در این فرایند پروتئین‌های دایسر و شبه دایسر می‌باشند که با همکاری یک سری پروتئین‌های دیگر باعث پیشبرد فرایند خاموشی ژن می‌شوند.پروتئین های دایسر یک اندونکلئاز از خانواده RNase lll می‌باشند که ترکیبات کلیدی در پیدایش RNAهای کوچک (smallRNA) محسوب می‌شوند. این پروتئین ها در تمام بافت‌های گیاهی وجود دارند ولی به طور یکسان در تمام بافت ها بیان نمی‌شوند. هدف از این تحقیق بررسی این پروتئین ها در گیاه خیار با استفاده از ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی می باشد. برای شروع کار ابتدا توالی‌های آمینواسیدی این پروتئین‌ها در دو گیاه خیار و آرابیدوپسیس از پایگاه‌های اطلاعاتی مورد نظر دریافت شد،سپس با استفاده از نرم افزار clustalW، هم ‌ردیفی توالی ها صورت گرفت، در ادامه با استفاده از نرم افزار boxshade نواحی حفظ شده این توالی ها به صورت ملموس‌تر نشان داده شد.سپس با استفاده از نرم افزارهای smart و mega4 به ترتیب دامنه‌ها و درخت فیلوژنی این پروتئین‌ها مشخص شد، در ادامه جایگاه کروموزومی ژن‌های کد کننده این پروتئین ها در ژنوم خیار نیز مشخص شد و در انتها با استفاده از نرم افزار clc main workbench بررسی‌های بیشتری روی این پروتئین‌ها انجام شد. این مطالعه نشان داد که خیار حاوی 4 پروتئین شبه دایسر می‌باشد که دامنه‌های اصلیPAZhelicase-C و DEXDc را دارا می‌باشند و هنگام رسم درخت فیلوژنی در 4 دسته مجزا قرار می‌گیرند به طوری که هر پروتئین شبه‌دایسر در خیار با یک پروتئین شبه ‌دایسر از آرابیدوپسیس در یک دسته قرار می‌گیرند. بررسی جایگاه کروموزومی ژن‌های کد کننده این پروتئین‌ها نیز نشان داد که این ژن‌ها بر روی کروموزوم های 1، 3 و 6 قرار گرفته‌اند.