Exploring Novel Genetic Mutations in SARS-CoV-۲: Insights into Viral Genetic Diversity and Evolutionary Dynamics
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 44
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJMM-17-5_003
تاریخ نمایه سازی: 30 بهمن 1402
چکیده مقاله:
Background and Aim: The study aimed to detect SARS-CoV-۲ using custom-designed primers in conventional PCR, targeting RdRp, E, and N genes, and assess regional isolate genetic diversity compared to global strains.
Materials and Methods: In Sulaimani City, Iraq, from September ۲۰۲۰ to September ۲۰۲۱, ۲۰۰ positive nasopharyngeal samples were collected, and ۱۷ known variants with the S gene were randomly selected for whole RdRp, E, and N gene sequencing. To facilitate sequencing, six primer sets were designed for the RdRp gene (RdRp۱, RdRp۲, RdRp۳), two for the N gene (N۱, N۲), and one for the E gene.
Results: Twelve mutations in the RdRp gene were identified, with the most common mutation being ۱۴۴۰۸C>T (P۳۲۳L). In the N gene, a unique mutation, ۲۸۹۷۷C>T (S۲۳۵F), was detected in eight samples of various variants alongside other amino acid-altering point mutations (۲۸۲۸۰-۲GAT>CTA and ۲۸۸۱-۳GGG>AAC). The E gene exhibited amino acid-altering mutations (S۶۸F and I۱۳L) in two samples. The most frequent mutation, ۲۸۹۷۷C>T (S۲۳۵F), was identified in eight samples representing alpha, gamma, and cluster ۵ variants.
Conclusion: A novel mutation, specifically ۲۸۲۸۰-۲GAT>CTA, resulting in D۳L, along with three other mutations (۲۸۴۸۴G>A, ۲۹۱۲۹T>G, ۲۹۱۳۱T>C) causing amino acid substitutions (G۷۰S, N۲۸۴K, F۲۸۵L) were identified in the N gene. Additionally, a unique mutation at ۲۶۲۸۱ A>T in the E gene was observed in the Wuhan variant.
کلیدواژه ها:
Genetic diversity ، E gene ، N gene ، RdRp gene ، SARS-CoV-۲ ، تنوع ژنتیکی ، ژن E ، ژن N ، ژن RdRp ، SARS-CoV-۲
نویسندگان
Dara A. Tahir
Department of Biology, College of Science, University of Sulaimani, Al Sulaymaniyah, Iraq
Sahand K. Arif
College of Health Sciences, University of Human Development, Al Sulaymaniyah, Iraq
Zana H. Mahmood
Department of Infection Biology & Microbiomes, Faculty of Health & Life Sciences, University of Liverpool, The United Kingdom
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :