انطباق ساختارهای RNA با استفاده از مدل های مخفی مارکوف

یکی از روش های تعیین شباهت و مقایسه ی دو ساختار - RNA ، انطباق آنها می باشد. در این مقاله یک روش مبتنی بر مدل مخفی مارکوف برای انطباق ساختارهای دوم RNA پیشنهاد می گردد. در این مدل توالی های مختلف RNA از خانوادههای مختلف با یکدیگر مقایسه شده و میزان شباهت آنها با یکدیگر سنجیده می شود. برای تخمین پارامترهای مدل از الگوریتم ME استفاده می شود، الگوریتم EM الگوریتم استانداردی برای بیشینه کردن پارامترهای HMM میباشد. نتایج بدست آمده نشان می دهند که مدل های مخفی مارکوف علاوه بر انطباق ساختارهای اول RNA ، ساختارهای دوم RNA را نیز با دقت بالایی انطباق می دهند. بنابر نتایج بدست آمده RNA های عضو خانواده ی HDV با صحت 83.33 % و SP برابر 89%و SN برابر 98 % و RNA های عضو خانواده ی PURINE با صحت 56 % و SP برابر76% و SN برابر 76 % مطابقت داده شدند