استفاده از آنزیم برشی برای افزایش کارآیی نشانگرهای IRAP

بی نظیری و توزیع فوق العاده رتروترانسپوزون ها در ژنوم گیاهی، استفاده از آنها را به عنوان نشانگر مولکولی بسیار ایده آل می سازد. تا کنون چندین سیستم نشانگری بر اساس رتروترانسپوزون ها طراحی شده است که عبارتند از: REMAP, SSAP, RBIP,IRAP نشانگر IRAP بر این اصل استوار است که رتروترانسپوزون ها معمولا تمایل دارند که به صورت خوشه ای در داخل هم قرار بگیرند و به علت اینکه در این نشانگر تنها از نواحی LTR رتروترانسپوزون ها استفاده می شود بسته به فراوانی کپی های رتروترانسپوزون ها ممکن است قطعات تولید شده به اندازه ای بزرگ باشند که روی ژل آگارز قابل تفکیک نباشد. در این تحقیق ما استفاده از آنزیم های برشی را به عنوان مکملی برای این روش توصیه و آزمایش کردیم. به این منظور از چندین ژنوتیپ گندم استفاده شد و قطعات DNA با استفاده از نشانگرهای LTR تکثیر و روی ژل آگارز تفکیک شدند سپس قطعاتی که به حالت اسمیر ظاهر شده بودند با آنزیم برشی 6 باز برش EcoRI برش داده شدند و محصولات حاصله روی ژل پلی اکریلامید تفکیک شدند. نتایج نشان داد که استفاده از یک آنزیم برشی روی محصولات PCR نشانگر IRAP که توانایی تولید قطعات قابل تمایز و امتیازدهی را نداشتند قطعات واضح و مشخص و قابل امتیازدهی تولید کردند و این امر تائید می کند در مواردی که نشانگرهای LTR کثرت و فراوانی کمی در ژنوم دارند استفاده از آنزیم برشی می تواند به عنوان یک روش مکمل مورد استفاده قرار گیرد.