ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

Correlation Analysis as a dependency measures for inferring of time-lagged gene regulatory network

محل انتشار: هشتمین کنفرانس بین المللی فناوری اطلاعات ودانش
سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 556

فایل این مقاله در 6 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/548661

شناسه ملی سند علمی:

ICIKT08_002

تاریخ نمایه سازی: 5 بهمن 1395

چکیده مقاله:

One of the main aims of molecular biology is to understand regulatory relationships between the cellular components. Most of the methods developed to extract gene regulatory relationship from time-delayed gene expression data are not sensitive to non-linearity and non-monotonicity of the cellular system. Here we present four various time-lagged correlation methods including Pearson, Spearman, Kendall and distance correlation and an information theoretic measure (Mutual Information). We propose a method to limit potential regulators while introducing a new dynamic threshold. The SOS DNA Repair of E. coli dataset is used for simulation. The methods are implemented in R Programming language, and the results show the performance of the proposed method to reveal the structure of gene regulatory network.

کلیدواژه ها:

Correlation analysis ، time delay ، non- linearity ، Gene regulatory network

نویسندگان

Ali Gorji Sefidmazgi

Department of Computer Engineering Guilan University Rasht, Iran

Fatemeh Ahmadi-Abkenari

Department of Computer Engineering and Information Technology Payam-Nour (PNU) University Rasht, Iran

Seid Abolghasem Mirroshandel

Department of Computer Engineering Guilan University Rasht, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • ElBakry, O., Ahmad, M. O., & Swamy, M. N. S. ...
  • Noman, N., Palafox, L., & Iba, H. (2013). Reconstruction of ...
  • _ March 2012, Proceedings (pp. 93-103). ...
  • _ _ _ _ _ doi: 10. _ 080/0 162 ...
  • Yang, B., Zhang, W., Wang, H., Song, C., & Chen, ...
  • Ronen, M., Rosenberg, R., Shraiman, B.I, and Allon, U.: 'Assigning ...
  • _ _ _ _ _ _ _ _ Bioinformatics, ...
  • Nadaraya EA. On estimating regression. Theory Probab Appl1964; 10:186-90. ...
  • Meyer, P. E. (2008). Informati on-Theoretic Variable Selection and Network ...
  • Tie-Fei Liu, Wing-Kin Sung, Ankush Mittal Learming Multi-Time Delay ...
  • Intelligence (ICTAI 2004), 2004 ...
  • Zou, M., & Conzen, S. D. (2005). A new dynamic ...
  • Watanabe, Y, Seno, S., Takenaka, Y., & Matsuda, H. (2012). ...
  • _ _ _ _ _ _ Expression ...
  • Martin, S., Zhang, Z., Martino, A., & Faulon, J.-L. (2007). ...
  • Vera-Licona, P., Jarrah, A. Garcia-Puente, _ D., McGee, J., & ...
  • Margolin, A. A., Nemenman, I., Basso, K., Wiggins, C., Stolovitzky, ...
    • نمایش کامل مراجع