نقشه یابی ارتباطی برای شناسایی نشانگرهای SSR مرتبط با نر باروری هیبریدهای برنج حامل WA-CMS

نشانگرهای ریزماهواره (SSR) در زمره مفیدترین نشانگرهای DNA برای اهداف مختلف می باشند. از 29 نشانگر SSR توزیع شده در 12 کروموزوم برنج برای بررسی تنوع آللی و تعیین ارتباط این نشانگرها با بازگرداندن باروری به سیتوپلاسم نرعقیم در 34 ترکیب هیبریدی استفاده شد. تعداد گروه های واقعی موجود در جمعیت مورد مطالعه، k=5 برآورد شد. گروهبندی جمعیت با روش بیز نشان داد که ده، شش، چهار، شش و هشت رقم به ترتیب در گروه های پنج گانه (از K1 تا K5) قرار گرفتند. گروه 1 منحصرا از ارقام محلی ایرانی آروماتیک، گروه 2 از والدین پدری برگرداننده باروری (Rf) با منشا IRRI بهمراه ارقام ایرانی بجار و دشت، گروه 3 از ارقام اصلاح شده ایرانی، گروه 4 از ارقام اصلاح شده پرعملکرد ایرانی و گروه 5 از ارقام اصلاح شده با منشا IRRI تشکیل شده است. درصد پلی مورفیسم برای 5 گروه فوق به ترتیب 2/86، 1/62، 9/75، 4/72 و 2/86 و در مجموع 6/76 بدست آمد. بالاترین شاخص تنوع شانون برای گروه یک و بالاترین هتروزیگوسیتی یا تنوع ژنی نیی (394/0) برای گروه سه بدست آمد و تنوع ژنی نیی در کل جمعیت برابر با 6/35 درصد محاسبه گردید که 92 درصد آن داخل گروهی و تنها 8 درصد آن بین گروهی بوده است. تجزیه ارتباط با روش مدل خطی مخلوط (MLM) نشان داد که مارکر RM491 بر روی کروموزوم 12 دارای ارتباط قوی با باروری دانه گرده و همچنین باروری خوشه (به ترتیب با R2=0.40 و R2=0.326) و مارکر RM1 بر روی کروموزوم 1 نیز دارای ارتباط نسبتا بالایی با باروری خوشه (R2=0.288) می باشند.