مقایسه روش های گوناگون ارزیابی ژنومیک در صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت

هدف از انجام تحقیق حاضر،مقایسه روشهای گوناگون آماری در پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت ازنظر توزیع تاثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاههای صفت کمی (QTLs) بااستفاده از شبیه سازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تکنوکلیوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتیمورگان شبیهسازی، و توزیعهای متفاوت تاثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال، و گاما) و نیز سه تعداد 50) QTL، 100 و (200 بهصورت فرضیه های شبیه سازی صفت روی آن درنظر گرفته شد. بدین ترتیب نه صفت با معماری ژنتیکی متفاوت ایجاد شد. بهمنظور پیشبینی ارزشهای اصلاحی افراد موجود در جمعیتهای مرجع و تایید، از شش روش بهترین پیشبینی نااریب خطی ژنومیک(GBLUP) 1، رگرسیون ریدج(RRBLUP) 2، بیز (BayesA) A، بیز (BayesB) B، بیز (BayesCπ) Cπ، و بیز (BayesL) L استفاده گردید. با افزایش فاصله بین نسل مرجع و نسل تایید ناشی از برهمخوردن فاز لینکاژ، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک در تمام روشها کاهش معنیداری نشان داد .(P<0/05) همچنین زمانیکه توزیع تاثیر ژنی گاما بود روشهای بیزی در مقایسه با روش GBLUP و RRBLUPبرتری آشکاری نشان دادند. هنگامیکه توزیع تاثیرات ژنی نرمال بود، بیشترین صحت ارزشهای اصلاحی به دست آمد. با افزایش تعداد QTLها بهسمت 200، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک کاهش یافت. نتایج این تحقیق نشان داد که درمجموع روشهای بیزی و GBLUP ازنظر صحت ارزشهای اصلاحی پیشبینیشده در مقایسه با روش RRBLUP عملکرد بهتری دارند. نتایج تحقیق حاضر نشان میدهد هنگامیکه معماری صفات بررسیشده از مدل تعداد زیاد جایگاه ژنی پیروی نکند، معمولا روشهای بیزی بر روشهای GBLUP و RRBLUP ارجحیت دارند.