بهینه سازی تشخیص کوکساکی ویروس B3 با استفاده از تکنیک RT-LAMP به کمک روش تاگوچی

مقدمه : ویروس کوکساکی (CVB3) B3 به عنوان یک ویروس پاتوژن عامل میوکارد ویروسی است و به عنوان یک عامل بیولوژیک خطرناک دسته بندی می گردد که قابلیت تسلیحاتی شدن را نیز داراست. در این مطالعه تشخیص CVB3 با استفاده از بهینه سازی یک و دو مرحله ای تکنیک RT-LAMP (رونویسی معکوس تکثیر هم دما وابسته به لوپ) به روش تاگوچی مورد سنجش قرارگرفت.مواد و روش ها: به منظور طراحی آزمایشات تاگوچی و شرح تعداد موقعیت های مختلف آزمایش ها، از نرم افزار Qualitek-4 استفاده گردید. بهینه سازی یک و دو مرحله ای تکنیک RT-LAMP در 9 آزمایش با شرایط متفاوت طراحی شد و با استفاده از سه فاکتور متغییر غلظت MgSO4 ، دما و زمان انکوباسیون انجام شد.یافته ها: نتایج نشان داد که در واکنش یک مرحله RT-LAMP ، شرایط 4 میلی مولار MgSO4 و 60 درجه سانتی گراد به مدت 90 دقیقه انکوباسیون، نتایج بهتری برای شناسایی CVB3 نشان می دهد. اما در واکنش دو مرحله RT-LAMP بهترین داده ها در سه آزمایش: 2 میلی مولار MgSO4 ، 63 درجه سانتیگراد برای 40 دقیقه انکوباسیون و 4 میلی مولار MgSO4 ، 63 درجه سانتیگراد برای 60 دقیقه انکوباسیون و 4 میلی مولار MgSO4 ، 65 درجه سانتی گراد برای 20 دقیقه انکوباسیون بوده است. از سوی دیگر، نتایج نشان داد که هر دو آزمایش RT-LAMP اختصاصی بوده است و حساسیت واکنش یک و دو مرحله RT-LAMP به ترتیب در حدود fg RNA 10 / μl و cDNA 0.572fg / μl تعیین شد.نتیجه گیری: این داده ها نشان دادند که یک و دو مرحله RT-LAMP روشی ساده، اختصاصی و حساس برای تشخیص عفونت CVB3 می باشند. بنابراین از سنجش بهینه شده RT-LAMP می توان در تشخیص ویروس های پاتولوژیک (که امکان تسلیحاتی شدن دارند)، استفاده نمود.