مطالعه مولکولی دو انانتیومر دلتا و لاندای کمپلکس نیکل (II) با DNA

در این تحقیق مطالعات مولکولی برای یافتن بهترین مکان برهم کنش انانتیومرهای دالتا و لاندای کمپلکس نیکل ( II ) با مولکول زیستی DNA صورت گرفته است. برای انجام محاسبات از نرم افزاراتوداک 4.2 استفاده شده است. ساختار DNA با شماره D423 دارای توالی d (ACCGACGTCGGT)2 از سایت RSCB گرفته شد و برای داکینگ مولکولی مورد استفاده قرار گرفت. ساختار کمپلکس 2+[Ni(phen)2(dppz از سایت کریستالوکرافی گرفته شد و در سطح محاسباتی B3LYP با مجموعه پایه LANL2DZ با نرم افزار گوسین بهینه شده و سپس برای محاسبات داکینگ مولکولی استفاده شده است. در تمامی محاسبات ساختار و کمپلکس به صورت سخت در نظر گرفته شده است. ابتدا برای پیدا کردن جایگاه فعال داکینگ کور انجام شده است و سپس در جایگاه فعال داکینگ متمرکز صورت گرفته است. انرژی آزاد اتصال 9/9- و 9/7- کیلوکالری بر مول و ثابت اتصال برابر(فرمول در متن اصلی مقاله) به ترتیب برای کمپلکس های دلتا و لاندا به دست آمده است. اما مکان برهم کنش در دو ایزومر با بازهای DNA متفاوت است. در هر دو ایزومر، برهمکنش ها از جنس برهمکنش هیدروفوبی غالب است.