بررسی پایگاه های توالی آلرژن ها و تعیین پایگاه داده مناسب برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب

سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 433

فایل این مقاله در 22 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAB-30-1_003

تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398

چکیده مقاله:

  براساس اعلام سازمان جهانی آلرژی؛ حدود یک سوم جمعیت جهان متاثر از آلرژی اند. مطابق با ضوابط سازمان جهانی سلامت ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب ضروری است. ارزیابی آلرژنیسیته با پیشرفت های بدست آمده در آنالیزهای بیوانفورماتیکی و تعیین ساختار سه بعدی آلرژن ها تسهیل شده است. آنالیز بیوانفورماتیکی مرحله مقدماتی در ارزیابی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب است که نتایج آن در سنگینی مستندات و قضاوت آلرژنیسیته اهمیت دارد. کارایی آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب وابسته به ماهیت و محتوای پایگاه های اطلاعاتی مورد استفاده در تحلیل است. این تحقیق با هدف بررسی و تعیین پایگاه های داده توالی مناسب برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب انجام شد. لذا پایگاه های داده آلرژن پس از مطالعه تطبیقی در سه گروه الف- عمومی، ب- مولکولی و ج- آنالیز موتیف و اپی توپ دسته بندی شد. نتایج نشان داد این پایگاه ها در حجم داده ها، سازماندهی و قابلیت ها متفاوت هستند. به منظور دستیابی به نتایج بهتر و دقیق تر، آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب باید بصورت ترکیبی و بهره-مندی از گروهی از پایگاه های اطلاعاتی آلرژن ها انجام شود. بدلیل گستره داده ها و الگوریتم های مختلف درباره پیش بینی آلرژنیسیته، پایگاه توالی آلرژن ها شامل Allergome, ADFS, SDAP, FARRP و Alegpred برای آنالیز بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین های نوترکیب توصیه می شود. همچنین در این تحقیق ارزیابی بیوانفورماتیکی آلرژنیسیته پروتئین اسموتین انجام شد. نتایج تحقیق حاکی از آن بود که براساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی اسموتین حساسیت زا است.

نویسندگان

نجف الهیاری فرد

استادیار، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران ، ایران

زرین مینوچهر

استادیار، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری ، تهران ، ایران

مسعود رهگذر

دانشیار، گروه کامپیوتر دانشگاه تهران، ایران

عبدالمنان اورنگ

کارشناسی ارشد، دانشگاه پیام نور اصفهان، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Aalberse, R. C. (2005). Assessment of sequence homology and cross-reactivity. ...
  • Allahyari Fard, N., & Minuchehr, Z. (2013). In Silico Analysis ...
  • Altschul, S. F., Madden, T. L., Schaffer, A. A., Zhang, ...
  • Alvaro, M., Sancha, J., Larramona, H., Lucas, J. M., Mesa, ...
  • Bailey, T. L., Boden, M., Buske, F. A., Frith, M., ...
  • Brusic, V., Millot, M., Petrovsky, N., Gendel, S. M., Gigonzac, ...
  • Brusic, V., & Petrovsky, N. (2003). Bioinformatics for characterisation of ...
  • Cohen, S. G., & King, J. R. (2001). Skin tests: ...
  • Cui, Y. (2013). Structural biology of mite allergens. Mol Biol ...
  • Gendel, S. M.(2002). Sequence analysis for assessing potential allergenicity. Ann ...
  • Gendel, S. M. (2009). Allergen databases and allergen semantics. Regul ...
  • Gendel, S. M., & Jenkins, J. A. (2006). Allergen sequence ...
  • Gibson, J. (2006). Bioinformatics of protein allergenicity. Mol Nutr Food ...
  • Goodman, R., Ebisawa, M., Sampson, H., van Ree, R., Vieths, ...
  • Harwanegg, C., Laffer, S., Hiller, R., Mueller, M. W., Kraft, ...
  • Hileman, R. E., Silvanovich, A., Goodman, R. E., Rice, E. ...
  • Holloway, J. W., Yang, I. A., & Holgate, S. T. ...
  • Ivanciuc, O., Schein, C. H., & Braun, W. (2002). Data ...
  • Ivanciuc, O., Schein, C. H., & Braun, W. (2003). SDAP: ...
  • Ivanciuc, O., Schein, C. H., Garcia, T., Oezguen, N., Negi, ...
  • Kamble, S., & Bharmal, M. (2009). Incremental direct expenditure of ...
  • Ladics, G. S., Cressman, R. F., Herouet-Guicheney, C., Herman, R. ...
  • Mari, A., Rasi, C., Palazzo, P., & Scala, E. (2009). ...
  • Mari, A., Scala, E., Palazzo, P., Ridolfi, S., Zennaro, D., ...
  • Markovic-Housley, Z., Degano, M., Lamba, D., von Roepenack-Lahaye, E., Clemens, ...
  • Martinez Barrio, A., Soeria-Atmadja, D., Nister, A., Gustafsson, M. G., ...
  • Mora, C., Flores, I., Montealegre, F., & Diaz, A. (2003). ...
  • Nakamura, R., Teshima, R., Takagi, K., & Sawada, J. (2005). ...
  • Ono, S. J. (2000). Molecular genetics of allergic diseases. Annu ...
  • Pearson, W. R. (2000). Flexible sequence similarity searching with the ...
  • Radauer, C., Bublin, M., Wagner, S., Mari, A., & Breiteneder, ...
  • Randhawa, G. J., Singh, M., & Grover, M. (2011). Bioinformatic ...
  • Saha, S., & Raghava, G. P. (2006). AlgPred: prediction of ...
  • Saito, H., Nakajima, T., & Matsumoto, K. (2001). Human mast ...
  • Salehi, J., Tohidfar, M., & Sadeghi, A. (2010). Biosafety of ...
  • Schein, C. H. (1989). Production of soluble recombinant proteins in ...
  • Schein, C. H., Ivanciuc, O., Braun, W., Maleki, S., Burks, ...
  • Schein, C. H., Ivanciuc, O., Midoro-Horiuti, T., Goldblum, R. M., ...
  • Singh, M. B., & Bhalla, P. L. (2003). Hypoallergenic derivatives ...
  • Stadler, M. B., & Stadler, B. M. (2003). Allergenicity prediction ...
  • Tong, J. C., Lim, S. J., Muh, H. C., Chew, ...
  • Towhidfar, M., & Kaviani, M. (2010). Biosafety aspects of cotton ...
  • Valenta, R., & Kraft, D. (2001). Recombinant allergen molecules: tools ...
  • Vincent, K. J., & Zurini, M. (2012). Current strategies in ...
  • Wise, J., Taylor, S. L., & Goodman, R. E. (2009). ...
  • Yu, K., Petrovsky, N., Schonbach, C., Koh, J. Y., & ...
  • نمایش کامل مراجع