تعیین توالی کامل RNA2 یک جدایه از ویروس موزاییک کدو (SqMV) از استان خراسان جنوبی در ایران

ویروس موزاییک کدو Squash mosaic virus, SqMV ، تقریبا در تمامی نقاط کشت این محصول در دنیا گسترده بوده، و یکی از عوامل مهم خسارت و کاهش بازارپسندی این محصول می باشد. به منظور شناسایی و بررسی برخی از خصوصیات مولکولی ویروس موزاییک کدو، در سال 1394 از مزارع عمد کشت خربزه در استان خراسان جنوبی، تعداد 62 نمونه برگی دارای علایم جمع آوری شد. نمونه های جمع آوری شده توسط آزمون مولکولی RT-PCR مورد بررسی قرار گرفتند. در این آزمون با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شد مربوط به پروتیین پوششی، قعطه ای به طول bp1900 جهت شناسایی نمونه های آلوده تکثیر گردید. سپس از بین نمونه های آلوده، یک نمونه (شهرستان طبس) انتخاب، و با استفاده ازآغازگرهای اختصاصی طراحی شد ، RNA2 ویروس به طول 3271 جفت باز، طور کامل تعیین توالی گردید. RNA2 ایزووله طبس دارای یک ORF بوده که با AUG121 آغاز و در UAG3148 پایان یافته و پلی پروتیینی به طول 1009 آمینواسید را کد می کند. مقایسه توالی پلی پتروتیین RNA2 ودست آمد وا جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد، که جدایه تعیین توالی شده دارای بیشترین درصد تشابه در سطح نوکلیوتیدی 88/45 درصد و آمینواسیدی 90/56 درصد، با جدایه ای از استرالیا شمار دسترسی MF166754 بود و کمترین درصد تشابه آن در سطح نوکلیوتیدی 86/82 درصد( با جدایه ای از ژاپن ) شمار دسترسی NC_003800 و در سطح آمینواسیدی 86/36 درصد با جدایه اسپانیا (شمار دسترسی KP223324)، 421060 آریزونا AF059532 و اسپانیا در یک زیرگروه قرار گرفت که نشان دهنده قرابت این جدایه ها با یکدیگر است.