تاثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابی های ژنگانی
محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 49، شماره: 1
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 315
فایل این مقاله در 9 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-49-1_008
تاریخ نمایه سازی: 6 خرداد 1399
چکیده مقاله:
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP)، پیشبینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکانپذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ) های متراکم برای ارزیابی همه افراد جمعیت مقرون به صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی های ژنگانی میتوان گروهی از حیوان ها را با تراشههای با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشههای کمتراکم تعیین نژادگان (ژنوتیپ) کرد، سپس آن ها را به تراکم بالا اسناد (ایمپیوت) کرد. در این بررسی، تاثیر سه تراشه کمتراکم (1k، 2k و 4k)، اسناد شده به تراکم بالای 10k و رابطه خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای تایید بر درستی ارزیابی ژنگانی و نیز همبستگی ارزشهای اصلاحی برآوردشده در تراشههای مختلف با استفاده از داده همانند سازیشده، بررسی شد. برای ساختن تراشههای کمتراکم، 10، 20 و 40 درصد از نشانگرهای 10k به صورت تصادفی انتخاب شدند. اسناد کردن (ایمپیوتیشن) با استفاده از نرمافزار FImpute صورت گرفت. به طورکلی با افزایش تراکم نشانگری، همبستگی بین ارزشهای اصلاحی برآوردشده به دست آمده از تراشههای مختلف افزایش پیدا کرد. به گونه ای که، درستی ارزیابی ژنگانی تراشه کمتراکم 4k و تراشه متراکم 10k همسان بودند. همچنین پس از اسناد کردن نژادگانهای تراشه 4k به 10k، تفاوتی بین درستی ارزیابیهای ژنگانی ایجاد نشد. با افزایش فاصله جمعیت مرجع و جمعیتهای تایید، درستی اسناد کردن کاهش یافت.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
ناهید پرنا
دانشجوی کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
اردشیر نجاتی جوارمی
دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
مصطفی صادقی
دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
رستم عبداللهی آرپناهی
استادیار، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :