ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره در گیاه دارویی زنیان (Trachyspermum ammi) با استفاده از توالی‌یابی RNA

محل انتشار: مجله پژوهش های ژنتیک گیاهی، دوره: 6، شماره: 1
سال انتشار: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 437

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/1162723

شناسه ملی سند علمی:

JR_PGRLU-6-1_002

تاریخ نمایه سازی: 16 اسفند 1399

چکیده مقاله:

گیاه دارویی زنیان یک منبع غنی از ترکیبات فعال دارویی و دارای اثرات مختلف دارویی است. با توجه به اینکه نشانگرهای ریزماهواره دارای نقش کلیدی در ژنوم و مرتبط با ژن‌ها بویژه در بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه در گیاهان دارویی هستند، لذا در این مطالعه، از توالی‌یابی ترنسکریپتوم زنیان برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. پس از انجام توالی‌یابی توسط پلت‌فرمIllumina HiSeq 2000  بصورت دو طرفه، ارزیابی کیفیت خوانش‌ها توسط نرم‌افزار FastQC، تریم‌کردن با نرم‌افزار Trimmomatic و یکپارچه‌سازی نوپدید با استفاده از نرم‌افزار Trinity انجام گردید. در این پژوهش، 11468 توالی یونی‌ترنسکریپت (7913توالی یونی‌ژن) حاوی 13593 ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوان‌ترین نوع ریزماهواره‌ها، دی‌نوکلئوتیدها (67درصد) و تری‌نوکلئوتیدها (24درصد) بودند. همچنین تکرارهای شش‌تایی فراوان‌ترین تکرارها بودند و توالی غالب، AG/CT (31درصد) بود. 65درصد ریزماهواره‌ها از ریزماهواره کلاس دوم (10 تا 20 نوکلئوتید) و 35 درصد از ریزماهواره کلاس اول (بیش از 20 نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره‌ها تقریبا یک در هر 10.1 کیلو باز توالی یکپارچه شده بود. 57.9درصد یونی‌ژن‌های حاوی ریزماهواره، با ژنوم هویج بلاست شدند. تعداد 3437 یونی‌ژن (43درصد) دارای دسته‌بندی کارکردی بودند که از میان آنها تعداد 2219 یونی‌ژن (‌64.6 درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی" و 71 یونی‌ژن (2.1درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. در این تحقیق 12 ژن در مسیر پایه بیوسنتز ترپنوئیدها شناسایی شدند که ترنسکریپت مربوط به آنها دارای ریزماهواره بود. این ریزماهواره‌ها احتمالاً در بیان ژن‌ها و تولید متابولیت‌ها بویژه متابولیت‌های ثانویه نقش دارند. معرفی این نشانگرها می‌تواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشه­های ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهره­برداری قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

مهدی سلطانی حویزه

Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran

سیداحمد سادات نوری

Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran

وحید شریعتی

Department of Plant Molecular Biotechnology and NIGEB Genome Center, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran

محبوبه امیریپور

Department of Agronomy and Plant Breeding Sciences, Aburaihan Campus, University of Tehran, Tehran, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Alagna, F., D'Agostino, N., Torchia, L., Servili, M., Rao, R., ...
  • Angeloni, F., Wagemaker, C., Jetten, M., Op den Camp, H., ...
  • Bahmani, K., Izadi-Darbandi, A., Jafari, A.A., Noori, S.A.S. and Farajpour, ...
  • Bairwa, R., Sodha, R. and Rajawat, B. (2012). Trachyspermum ammi. ...
  • Bajgain, P., Richardson, B.A., Price, J.C., Cronn, R.C. and Udall, ...
  • Barakat, A., DiLoreto, D.S., Zhang, Y., Smith, C., Baier, K., ...
  • Beier, S., Thiel, T., Münch, T., Scholz, U. and Mascher, ...
  • Bhandawat, A., Singh, G., Raina, A.S., Kaur, J. and Sharma, ...
  • Blanca, J., Cañizares, J., Roig, C., Ziarsolo, P., Nuez, F. ...
  • Bräutigam, A., Mullick, T., Schliesky, S. and Weber, A.P. (2011). ...
  • Chen, F., Tholl, D., Bohlmann, J. and Pichersky, E. (2011). ...
  • Dassanayake, M., Haas, J., Bohnert, H. and Cheeseman, J. (2009). ...
  • Farajpour, M., Ebrahimi, M., Amiri, R., Noori, S., Sanjari, S. ...
  • Fu, N., Wang, Q. and Shen, H.L. (2013). De novo ...
  • Futschik, A. and Schlötterer, C. (2010). The next generation of ...
  • Grabherr, M.G., Haas, B.J., Yassour, M., Levin, J.Z., Thompson, D.A., ...
  • Guo, S., Liu, J., Zheng, Y., Huang, M., Zhang, H., ...
  • Hao, D., Ma, P., Mu, J., Chen, S., Xiao, P., ...
  • Heidari, E.F., Rahimmalek, M., Mohammadi, S. and Ehtemam, M.H. (2016). ...
  • Hiremath, P.J., Farmer, A., Cannon, S.B., Woodward, J., Kudapa, H., ...
  • Kaliswamy, P., Vellingiri, S., Nathan, B. and Selvaraj, S. (2015). ...
  • Karimbeigi, H., Nazarian-Firouzabadi, F., Khademi, M. and Mousav, E. (2016) ...
  • Kumpatla, S.P. and Mukhopadhyay, S. (2005). Mining and survey of ...
  • Li, D., Deng, Z., Qin, B., Liu, X. and Men, ...
  • Li, Y.C., Korol, A.B., Fahima, T. and Nevo, E. (2004). ...
  • Li, Y., Sun, C., Luo, H., Li, X., Niu, Y. ...
  • Li, Y.C., Korol, A.B., Fahima, T., Beiles, A. and Nevo, ...
  • Lin, X., Zhang, J., Li, Y., Luo, H., Wu, Q., ...
  • Lu, F.H., Cho, M.C. and Park, Y.J. (2012). Transcriptome profiling ...
  • Luo, H., Sun, C., Sun, Y., Wu, Q., Li, Y., ...
  • Mirzahosseini, S.M., Noori, S.A.S., Amanzadeh, Y., Javid, M.G. and Howyzeh, ...
  • Modareskia, M., Darvishzadeh, R., Hassani, A. and Kholghi, M. (2013). ...
  • Moriya, Y., Itoh, M., Okuda, S., Yoshizawa, A.C. and Kanehisa, ...
  • Noori, S.A.S., Norouzi, M., Karimzadeh, G., Shirkool, K. and Niazian, ...
  • Parida, S.K., Pandit, A., Gaikwad, K., Sharma, T.R., Srivastava, P.S., ...
  • Primmer, C.R. (2009). From conservation genetics to conservation genomics. Annals ...
  • Towards conservation and breeding of Ajowan (Trachyspermum ammi) by assessing ISSR, morphological traits and germination variability [مقاله ژورنالی]
  • Sargazi, A. (2016). Genetic diversity of some population of medicinal ...
  • Shuorvazdi, A., Mohammadi, S.A., Norozi, M. and Sadeghzadeh, B. (2014) ...
  • Soltani Howyzeh, M., Sadat Noori, S.A. and Shariati, J.V. (2018a). ...
  • Soltani Howyzeh, M., Sadat Noori, S.A., Shariati J.V. and Niazian, ...
  • Strickler, S.R., Bombarely, A. and Mueller, L.A. (2012). Designing a ...
  • Vasemägi, A., Nilsson, J. and Primmer, C.R. (2005). Expressed sequence ...
  • Wei, W., Qi, X., Wang, L., Zhang, Y., Hua, W., ...
  • Xu, M., Liu, X., Wang, J.W., Teng, S.Y., Shi, J.Q., ...
  • Zhang, J., Liang, S., Duan, J., Wang, J., Chen, S., ...
    • نمایش کامل مراجع