پویش کل ژنومی و تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی مرتبط با صفات پشم در گوسفندان نژاد زندی

سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 59

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAP-25-3_001

تاریخ نمایه سازی: 23 مهر 1402

چکیده مقاله:

هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژن­های کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور ۹۶ راس گوسفند با استفاده از آرایه­های ۵۰K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیش تر از ۳۰ میکرومتر قطر الیاف، طول استاپل، نسبت کمپ و نسبت مو در الیاف اندازه گیری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات در نرم­ا­فزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرم­افزاری biomaRt۲ ژن­های معنی­داری که در داخل و یا ۵۰ کیلوباز بالا و پایین دست نشانگرهای معنی­دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنی­سازی مجموعه­های ژنی به وسیله برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن­های کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژن­های مرتبط با صفات قطر الیاف CEP۲۹۰)، PRKCZ، TMTC۳، RHPN۲ و TNFSF۴)، طول استاپل (NLGN۱، SPHKAP و PLCE۱) و نسبت کمپ و مو (FAT۱ و PIK۳R۴) شناسایی شدند. در تحلیل غنی­سازی مجموعه­های ژنی، تعداد ۲۱ مسیر با صفات پشم شناسایی شدند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده نقش مهمی در رشد و توسعه فولیکول­های مو، تولید کراتینوسیت­ها، رشد و توسعه اپیدرمال، سنتز آنزیم­های تروئونین کینازها و مسیر سیگنال­دهی  Wntداشتند. با توجه به تایید نتایج قبلی و شناسایی ژن های کاندیدای جدید با عملکرد مولکولی مرتبط با صفات الیاف پشم، نتایج این پژوهش می­تواند در درک سازوکار ژنتیکی کنترل کننده صفات پشم مورد استفاده قرار گیرد و در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کیفیت بالاتر پشم مفید باشد.

نویسندگان

حسین محمدی

استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.

حسین مرادی شهربابک

استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهران. کرج، ایران.

محمد شمس الهی

استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • داشاب؛ غلامرضا، اسلمی­نژاد؛ علی اصغر، نصیری؛ محمدرضا، اسماعیل زاده کشکوئیه؛ ...
  • Arzik, Y., Kizilaslan, M., Behrem, S., White, S.N., Piel, L.M.W., ...
  • Bu, D., Luo, H., Huo, P., Wang, Z., Zhang, S., ...
  • Clancey, E., Kiser, J.N., Moraes, J.G.N., Dalton, J.C., Spencer, T.E., ...
  • Dashab, G., Aslaminejad, A., Nasiri, M.R., Esmailizadeh, A., & Alisaghi, ...
  • Fariello, M.I., Servin, B., Tosser-Klopp, G., Rupp, R., & Moreno, ...
  • Gay, D.L., Yang, C.C., Plikus, M.V., Ito, M., Rivera, C., ...
  • Lehman, J.M., Laag, E., Michaud, E.J., & Yoder, B.K. (۲۰۰۹). ...
  • Liu, C., Sello, C.T., Sun, Y., Zhou, Y., Lu, H., ...
  • Ma, G.W., You, X., & Yang, H. (۲۰۲۰). Polymorphisms and ...
  • Marjanovic, J., & Calus, M.P.L. (۲۰۲۰). Factors affecting accuracy of ...
  • McMullan, R., Lax, S., Robertson, V.H., Radford, D.J., Broad, S., ...
  • Megdiche, S., Mastrangelo, S., Ben Hamouda, M., Lenstra, J.A., & ...
  • Genome-wide association study and gene ontology for growth and wool characteristics in Zandi sheep [مقاله ژورنالی]
  • Mohamadipoor Saadatabadi, L., Mohammadabadi, M., Amiri Ghanatsaman, Z., Babenko, O., ...
  • Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M.A., ...
  • Ren, X., Yang, G.L., Peng, W.F., Zhao, Y.X., Zhang, M., ...
  • Roldan, D.L., Dodero, A.M., Bidinost, F., Taddeo, H.R., Allain, D., ...
  • Takahashi, T., Kamimura, A., Shirai, A., & Yokoo, Y. (۲۰۰۰). ...
  • Wang, L., Jia, P., & Wolfinger, R.D. (۲۰۱۱). Gene set ...
  • Wang, Z., Zhang, H., Yang, H., Wang, S., Rong, E., ...
  • Young, M.D., Wakefield, M.J., Smyth, G.K., & Oshlack, A. (۲۰۱۰). ...
  • Zhao, H., Zhu, S., Guo, T., Han, M., Chen, B., ...
  • Zhou, X., & Stephens, M. (۲۰۱۲). Genome-wide efficient mixed-model analysis ...
  • نمایش کامل مراجع