آنالیز بیوانفورماتیکی پروفایل های بیان افتراقی ژنی مرتبط با استرس گرمایی در سه بافت مغز، کبد و ماهیچه ران جوجه های گوشتی مبتنی بر تکنیک ریزآرایه

سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 100

فایل این مقاله در 21 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_IJAS-54-3_001

تاریخ نمایه سازی: 8 آبان 1402

چکیده مقاله:

در صنعت پرورش طیور، استرس گرمایی ناشی از دمای بالای محیط، بر عملکرد حیوانات تاثیر منفی دارد و به یک چالش اساسی تبدیل شده است. آنالیز پروفایل ترانسکریپتوم داده ها و شناسایی الگوهای بیان افتراقی ژن در بافت های مرتبط می تواند در کشف سازوکارهای مولکولی مقاوم به استرس حرارتی نقش داشته باشد. در پژوهش حاضر، هدف اصلی استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم سه بافت مغز، کبد و ماهیچه ران دو دسته از جوجه های گوشتی گروه کنترل و گروه تحت استرس گرمایی، بمنظور شناسایی ژن های کاندیدای مرتبط با استرس گرمایی است. در تجزیه داده های ریزآرایه برای مقایسه بیان ژنی، ۶۵۷ ژن معنی دار (P<۰.۰۵) استخراج شد که در مجموع ۹۴ ژن تفاوت بیانی معنی داری نشان دادند (FDR < ۰.۰۵, Fold change > ±۲). سپس با بررسی حاشیه نویسی ژن های مربوطه حاصل از آنالیز داده ها و مرور منابع و همچنین شبکه تعاملی پروتئین- پروتئین بازسازی شده، ژن های هاب شامل ژن های NSDHL، DHCR۲۴، LSS، FDPS، PCK۱، ACTA۱، HSP۹۰AA۱، HSPA۲، HSPB۱، HSF۱، CRYAB، APOB و IL۶ شناسایی شدند. بررسی نتایج حاشیه نویسی این ژن ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل و نقل یونی، بیوسنتز استروئیدها، آنتی بادی ها و کلسترول، متابولیسم لیپیدها، عملکرد سیستم ایمنی بدن و مسیرهای سیگنالی مختلف مانند کیناز MAP، RET  و ERK دارای نقش می باشند. در نهایت پژوهش حاضر می تواند افق جدیدی از شواهد را با در نظر گرفتن مسیرهای فعال شده توسط این ژن ها برای شناسایی ژن های موثر و درک بهتر فرآیندهای زیستی مرتبط با تنش گرمایی ارائه دهد.

نویسندگان

محمد سلیمان اختیاری

گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

آرش جوانمرد

گروه مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

فرزاد غفوری

گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

آیه سادات صدر

موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش، اهواز، ایران

سیدرضا میرائی آشتیانی

گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.

مسعود شیرعلی

موسسه تحقیقات کشاورزی، غذا و علوم زیستی، هیلزبرا، انگلستان و استادیار دانشگاه بلفست، بلفست، انگستان

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Adu-Asiamah, P., Zhang, Y., Amoah, K., Leng, Q.Y., Zheng, J.H., ...
  • Åkerfelt, M., Morimoto, R. I., & Sistonen, L. (۲۰۱۰). Heat ...
  • Altan, Ö.Z.G.E., Pabuçcuoğlu, A., Altan, A., Konyalioğlu, S. & Bayraktar, ...
  • Al-Zghoul, M.B., El-Bahr, S.M., Al-Rukibat, R.K., Abd Elhafeed, S.D., Althnaian, ...
  • Barrett, N.W., Rowland, K., Schmidt, C.J., Lamont, S.J., Rothschild, M.F., ...
  • Bigland, C.H. & Triantaphyllopoulos, D.C. (۱۹۶۱). Chicken prothrombin, thrombin, and ...
  • Brede, M., Nagy, G. b., Philipp, M., Sørensen, J. B., ...
  • Chang, Y., Östling, P., Åkerfelt, M., Trouillet, D., Rallu, M., ...
  • Chen, X., Li, R., & Geng, Z. (۲۰۱۵). Cold stress ...
  • Cheung, A.S., de Rooy, C., Levinger, I., Rana, K., Clarke, ...
  • Ciocca, D. R., Cappello, F., Cuello-Carrion, E., & Arrigo, A. ...
  • Coble, D.J., Fleming, D., Persia, M.E., Ashwell, C.M., Rothschild, M.F., ...
  • Creagh, E., Sheehan, D., & Cotter, T. (۲۰۰۰). Heat shock ...
  • Cunningham, D., Swartzlander, D., Liyanarachchi, S., Davuluri, R.V. & Herman, ...
  • Davis, S. & Meltzer, P.S. (۲۰۰۷). GEOquery: a bridge between ...
  • de Graauw, M., Tijdens, I., Cramer, R., Corless, S., Timms, ...
  • Dietschy, J. M., & Wilson, J. D. (۱۹۷۰). Regulation of ...
  • Du, P., Kibbe, W.A. & Lin, S.M. (۲۰۰۸). Lumi: a ...
  • Fujimoto, M., Hayashida, N., Katoh, T., Oshima, K., Shinkawa, T., ...
  • Gautier, L., Cope, L., Bolstad, B.M. & Irizarry, R.A. (۲۰۰۴). ...
  • Ghafouri, F., Bahrami, A., Sadeghi, M., Miraei-Ashtiani, S.R., Bakherad, M., ...
  • Groenendijk, B. C., Van der Heiden, K., Hierck, B. P., ...
  • Hietbrink, F., Koenderman, L., Rijkers, G. T., & Leenen, L. ...
  • Huber, W., Carey, V.J., Gentleman, R., Anders, S., Carlson, M., ...
  • Huising, M., Van Schooten, C., Taverne-Thiele, A., Hermsen, T., Verburg-van ...
  • IPCC (Intergovernmental Panel on Climate change) (۲۰۰۷) Climate Change ۲۰۰۷: ...
  • Javadi Esfehani, Y. (۲۰۱۴). CEP۷۸, a novel centrosomal protein ...
  • John Peter, A. T., Herrmann, B., Antunes, D., Rapaport, D., ...
  • Judge, L.M., Perez-Bermejo, J.A., Truong, A., Ribeiro, A.J., Yoo, J.C., ...
  • Krishnamurthy, K., Kanagasabai, R., Druhan, L. J., & Ilangovan, G. ...
  • Kumar, V., Sinha, A. K., Romano, N., Allen, K. M., ...
  • Laing, N.G., Dye, D.E., Wallgren‐Pettersson, C., Richard, G., Monnier, N., ...
  • Lara, L.J. & Rostagno, M.H. (۲۰۱۳). Impact of heat stress ...
  • Lee, M., Park, H., Heo, J.M., Choi, H.J. & Seo, ...
  • Li, J., Xing, S., Zhao, G., Zheng, M., Yang, X., ...
  • Li, Y., Zeng, Y., Mooney, S. M., Yin, B., Mizokami, ...
  • Liu, J., Zhao, H., Wang, Y., Shao, Y., Zong, H., ...
  • Lu, Z., He, X.F., Ma, B.B., Zhang, L., Li, J.L., ...
  • Luo, Q.B., Song, X.Y., Ji, C.L., Zhang, X.Q. & Zhang, ...
  • McInnes, L., Healy, J. & Melville, J. (۲۰۱۸). Umap: Uniform ...
  • Mutryn, M.F., Brannick, E.M., Fu, W., Lee, W.R. & Abasht, ...
  • Nawaz, A.H., Amoah, K., Leng, Q.Y., Zheng, J.H., Zhang, W.L. ...
  • Ohba, K., Sasaki, S., Matsushita, A., Iwaki, H., Matsunaga, H., ...
  • Osei-Amponsah, R., Chauhan, S.S., Leury, B.J., Cheng, L., Cullen, B., ...
  • Patwari, P., Emilsson, V., Schadt, E.E., Chutkow, W.A., Lee, S., ...
  • Pawar, S.S., Sajjanar, B., Lonkar, V.D., Kurade, N.P., Kadam, A.S., ...
  • Pearson, G., Robinson, F., Beers Gibson, T., Xu, B.e., Karandikar, ...
  • Qin, S., Minami, Y., Kurosaki, T., & Yamamura, H. (۱۹۹۷). ...
  • Rabindran, S.K., Giorgi, G., Clos, J. & Wu, C. (۱۹۹۱). ...
  • Rezaei Sinaki, M., Sadeghi, M., Bahrami, A., & Moradi Shahrbabak, ...
  • Romanelli, M.G., Lorenzi, P., Sangalli, A., Diani, E. & Mottes, ...
  • Shannon, P., Markiel, A., Ozier, O., Baliga, N.S., Wang, J.T., ...
  • Soleimani, A.F., Zulkifli, I., Omar, A.R. & Raha, A.R. (۲۰۱۱). ...
  • Song, X.Y., Luo, Q.B. & Zhang, X.Q. (۲۰۱۲). Gene Expression ...
  • Szklarczyk, D., Gable, A.L., Lyon, D., Junge, A., Wyder, S., ...
  • Tang, S., Yin, B., Song, E., Chen, H., Cheng, Y., ...
  • Wang, Y., Jia, X., Hsieh, J.C., Monson, M.S., Zhang, J., ...
  • Weber, A., Wasiliew, P. & Kracht, M. (۲۰۱۰). Interleukin-۱ (IL-۱) ...
  • Wolc, A., Arango, J., Settar, P., Fulton, J.E., O’Sullivan, N.P. ...
  • Wu, S., Guo, W., Liang, S., Lu, H., Sun, W., ...
  • Xie, J., Tang, L., Lu, L., Zhang, L., Xi, L., ...
  • Xu, J., Yin, B., Huang, B., Tang, S., Zhang, X., ...
  • Zhang, J., Lv, C., Mo, C., Liu, M., Wan, Y., ...
  • Zhang, Q., Shi, H., Liu, W., Wang, Y., Wang, Q. ...
  • Zhang, W., Kong, L., Zhang, X., & Luo, Q. (۲۰۱۴). ...
  • Zhao, P., Guo, Y., Zhang, W., Chai, H., Xing, H. ...
  • Zhao, Y., Wong, L. & Goh, W.W.B. (۲۰۲۰). How to ...
  • نمایش کامل مراجع