کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR

سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 482

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-10-2_003

تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398

چکیده مقاله:

یکی از چالش­های موجود در تفسیر نتایج qPCR ، اطمینان از اختصاصی بودن قطعات تکثیر شده است که برای بررسی آن از آنالیز منحنی ذوب استفاده می­شود. پیک­های اضافی در منحنی ذوب همیشه نشان دهنده یک مشکل نیست، به همین منظور در این مقاله یک ابزار مبتنی بر وب به نام uMelt SM به عنوان راهکاری کاربردی و ساده برای آنالیز صحیح منحنی ذوب به محققین پیشنهاد می­گردد که امکان پیش­بینی منحنی ذوب DNA و پروفیل­های واسرشته سازی را با وضوح بالای فلورسنت از محصولات PCR فراهم می­کند. نتایج این مطالعه نشان داد که منحنی­های ذوب براساس چه پارامترهایی تولید شده و الگوریتم مناسب برای نحوه کار با این نرم افزار ارائه گردید. در نهایت ژن­های اکتین و سوپراکسید دیسموتاز از قارچ  Pyricularia oryzae به عنوان الگوی مناسب برای تعیین منحنی پیش­بینی شده با استفاده از این نرم­افزار ارائه گردید و منحنی Real-time PCR نیز ترسیم شد. براساس نتایج منحنی ذوب با استفاده از نرم افزار uMelt SM در مقایسه با منحنی ذوب دستگاه Real-Time PCR تطابق بالایی را نشان می­دهد که این نتایج تاییدی بر مزیت­هایی همچون سهولت استفاده، صرفه­جویی در زمان، هزینه و تلاش در بخش تجربی با استفاده از این نرم­افزار می­باشد.

نویسندگان

اناهیتا خارابی ماسوله

دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.

عباس سعیدی

هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Blake RD, Delcourt SG (1998). Thermal stability of DNA. Nucleic ...
  • Blake RD, Bizzaro JW, Blake JD, Day GR, Delcourt SG, ...
  • Blossey R, Carlon E (2003). Reparametrizing the loop entropy weights: ...
  • Capote N, Pastrana AM, Aguado A, Sánchez-Torres P (2012). Molecular ...
  • Crothers DM (1968). Calculation of melting curves for DNA. Biopolymers ...
  • Downey N (2014). Interpreting melt curves: An indicator, not a ...
  • Dwight Z, uMelt Technical Guide v2.0, University of Utah, Wittwer ...
  • Dwight Z, Palais R, Wittwer CT (2011). uMELT: prediction of ...
  • Gotoh O (1983). Prediction of melting profiles and local helix ...
  • Markham NR, Zuker M (2005). DINAMelt web server for nucleic ...
  • Mehdizadeh, V., Nassaghusseini, S M., Safaei, N., Saidi, A., NCBI: ...
  • Primrose SB, Twyman RM (2001). Old RW Principles of Gene ...
  • Ririe KM, Rasmussen RP, Wittwer, CT (1997). Product differentiation by ...
  • SantaLucia J (1998). A unified view of polymer, dumbbell, and ...
  • Steger G (1994). Thermal denaturation of double-stranded nucleic acids: prediction ...
  • Tøstesen E, Liu F, Jenssen TK, Hovig, E (2003). Speed-up ...
  • University of Utah, Department of pathology, Why Use uMELT , ...
  • von Ahsen N, Wittwer CT, Schutz E (2001). Oligonucleotide melting ...
  • Zimm BH (1960). Theory of Melting of the helical form ...
  • نمایش کامل مراجع