تکثیر ژن فیلیای گاوی غنی از GC به کمک بهینه سازی طراحی آغازگر
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 7، شماره: 3
سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 400
فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-7-3_008
تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398
چکیده مقاله:
فیلیا ژنی با اثرات مادری است و اختلال در کارکرد آن در موش منجر به کاهش باروری، و در انسان باعث سقط جنین میگردد. بررسی توالی رونوشت فیلیا در گاو در NCBI نشان میدهد که نسبت به اورتولوگ انسان و موش دارای درصد GC بالاتری است. این امر منجر به اختلال در تکثیر ژن در طی سیکل تکثیر PCR میگردد. مطالعهی حاضر بهمنظور بررسی امکان تکثیر بخشی از رونوشت فیلیای گاوی با درصد بالای GC با بهینه سازی در طراحی آغازگر به اجرا درآمد. آغازگرها برای دو قطعهی 443 و 230 جفت بازی از ژن مذکور طراحی شد بهصورتی که فقط برای قطعهی اول، دو شرط دمای ذوب بالا و اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها در نظر گرفته شد. بررسی بیوانفورماتیک از نظر وضعیت GC و ساختارهای ثانویهی احتمالی این قطعات صورت گرفت. استخراج RNA از تخمکهای جداشده از تخمدانهای گاوی انجام گرفت. پس از واکنش رونویسی معکوس، واکنش PCR با دماهای اتصال مختلف به صورت دو و سهمرحلهای صورت گرفت. نتایج نشان داد که قطعهی 443 جفت بازی دارای یک جزیرهی CpG و درصد GC بیشتر و قابلیت تشکیل ساختارهای ثانویهی پیچیدهتری نسبت به قطعهی 230 جفت بازی است. با این وجود تنها قطعهی 443 جفت بازی که دارای آغازگرهای با ویژگیهای موردنظر بود، با باند مشخصی تکثیر گردید. نتایج نشان داد اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها، بالا بودن دمای اتصال آنها و دومرحلهای شدن واکنش میتواند در تکثیر اختصاصی توالیهای غنی از GC موثر باشد.
کلیدواژه ها:
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :